devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3') 第一个报错 Failed to install 'unknown package' from GitHub HTTP error 401. 这是因为github权限的问题,通过下面这个教程很快解决了 Error: Failed to install 'unknown package' from GitHub: HTTP error 401. Bad credentialsblog.csdn.net/qq_22...
configure: error: geos-config not found or not executable. 解决:yum install geos-devel 参考: 知乎-【单细胞转录组】从0开始记录monocle3安装过程 https://gdal.org/development/building_from_source.html http://download.osgeo.org/gdal/
Error: Failed to install 'monocle3' from GitHub: (converted from warning) installation of package ‘/var/folders/xq/htw0h9qd4pndpgpdvslvp7_00000gn/T//RtmpIbfMoq/file9853527d57a2/monocle3_0.2.1.tar.gz’ had non-zero exit status Collaborator hpliner commented May 14, 2020 Can you try ...
## Warning:package'AnnotationDbi'was built under R version4.1.1 if(!require(garnett))devtools::install_github("cole-trapnell-lab/garnett",ref="monocle3")unique(clusters(cds)) ## [1] 6 1 4 3 5 7 2 8 9 ## Levels: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 colData(cds)$garnett_cluster<-clusters(cds...
devtools::install_github('r-lib/pillar') needed for >1.4.7, but fails Owner Author vertesy commented Apr 15, 2021 Sys.setenv(R_REMOTES_NO_ERRORS_FROM_WARNINGS="true") devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3', force = TRUE) did ! help Owner Author vertesy commented Apr...
首先试试官网提供的devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3') 看看缺哪些依赖包,然后用biocmanager::install(), 看看缺哪些依赖包的依赖库,大致遇到如下: 先是在某个报错提示下安装了:sudo yum installgdal gdal-devel 当提示找不到proj_api.h时,安装了proj-devel ...
I pulled the docker from your site and started it It leaves me at a bash prompt from https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3/monocle3_docs/#installing-monocle I can then launch R BiocManager::install(c('BiocGenerics', 'DelayedArray', 'DelayedMatrixStats', 'limma', 'S4Vectors', '...
monocle3与PAGA有点类似,在UMAP图上显示轨迹图,没有了树状的结构。 原理、图的理解,可以参考Reference中的链接 安装 ubuntu 代码语言:shell 复制 sudoaptinstalllibudunits2-dev libgdal-dev R speedglm包违反CRAN规定被删除了,所以要从rstudio下载 代码语言:text ...
软件分为了教育版、开源版和商业版三个版本。其中教育版会有水印，商业版要收费，但是官方不提供开源版本的安装方法。按照参考链接1的内容，可以在Windows系统上面安装一个开源版本的PyMol，但是该发行版只有Windows平台的编译包。所以如果需要在Linux上安装PyMol，就只能在Github上面下载源码进行编译构建。
monocle3与PAGA有点类似,在UMAP图上显示轨迹图,没有了树状的结构。 原理、图的理解,可以参考Reference中的链接 安装 ubuntu sudo apt install libudunits2-dev libgdal-dev R speedglm包违反CRAN规定被删除了,所以要从rstudio下载 using(pak)pkgs <- c('BiocGenerics', 'DelayedArray', 'DelayedMatrixStats', '...