DNase I 存在切割偏好性,需要通过计算消除这种偏好。 得到的序列信息不能完全还原开放区域内无保护序列。 可以推断转录因子结合位置。 2. MNase-seq 这种测序方法和DNase-seq原理类似,探测区域互补。MNase-seq使用的酶是限制性外切酶,将不受保护的区域统统切除,只余下核小体上缠绕的DNA序列。
同时,转座酶可以切割开放区染色质附近的核小体间连接区DNA,同时获得核小体印记信息。 DNase-seq: DNase I酶: ① 核酸内切酶,可以消化单链或双链DNA的核酸内切酶。活性依赖于钙离子,可以被镁离子或二价锰离子激活。 ② 镁离子存在时DNase I可随机剪切双链DNA的任意位点;二价锰离子存在条件下,DNase I可在同一位...
ATAC-seq技术及相关技术的发展 Reveling in the Revealed这篇文章中,对DNase-seq和ATAC-seq还有MNase-seq相关技术原理以及优缺点进行了总结。具体如下: 首先,向我们了解到的,CHIP-seq即染色质免疫共沉淀质谱技术,它主要通过对已知的蛋白,通常是目的转录因子TF免疫沉淀,抓取与该TF结合的DNA片段,然后再进一步的扩增,...
通过分析不同长度的DNA片段,scMNase-seq可以同时检测全基因组核小体定位和染色质开放性。 单细胞 MNase 测序技术是赵可吉实验室早期开发的常规MNase测序的进一步创新,该方法的操作流程借鉴了赵可吉实验室2015年开发单细胞 DNase 测序(scDNAse-seq...
赵可吉研究员的实验室主要研究方向是免疫细胞发育和记忆的表观遗传调控机制,他在免疫细胞表观遗传调控方面做出了众多国际领先水平的杰出研究成就,他们率先建立了基于新一代基因测序的表观遗传实验技术,包括ChIP-Seq、ChIP-SAGE、MNase-Seq、scDNase-Seq、scMNase、Trac-looping 以及开发了高通量的生物信息分析方法。因其...
This package computes informative enrichment and quality measures for ChIP-seq/DNase-seq/FAIRE-seq/MNase-seq data. It can also be used to obtain robust estimates of the predominant fragment length or characteristic tag shift values in these assays. - kun
核小体是染色质复杂三维结构的基本单位,它在基因组上的定位及占位在DNA转录,复制和修复等基础生物过程中发挥重要功能.在众多核小体定占位研究技术中,微球菌核酸酶测序(micrococcal nuclease sequencing, MNase-seq)被认为是目前最为高效的方法,因此应用十分广泛.研究人员利用该技术绘制了多种生物的核小体图谱,并揭示了...
DNase-Seq是用的DNase I内切酶识别开放染色质区域,而ATAC-seq是用的Tn5转座酶,随后进行富集和扩增; FAIRE-Seq是先进行超声裂解,然后用酚-氯仿富集。 MNase-Seq是用来鉴定核小体区域。 作者:六六_ryx 链接:https://www.jianshu.com/p/87bc2002e82c
(3) MACC-seq (MNase accessibility sequencing),同时对整个基因组上的核小体位置及其可及性进行测量,探究核小体占位与染色质可及性的关系[18];(4) MH-seq,识别MNase高敏位点(MNase hypersensitive sites, MHSs),利用MNase可以检测到DNase I或Tn5无法访问到的开放染色质区域[19];(5) Array-seq,使用低浓度...
DNase-seq脱氧核糖核酸酶I(DNase I)是一种核酸内切酶,被人的基因DNASE1编码,可以非特异性的对双链DNA进行切割。DNase I 敏感的位点在基因组学和染色质的研究中被认为是具有开放的,可接近的染色质的特征[4]。低浓度的DNase I可以切割基因组上非核小体占据的开放区域,这些区域被称为是DNase I敏感位点。鉴定DH...