1.PubMLST: PubMLST是一个经典的在线细菌分型工具,除MLST外,还提供核心基因组MLST(core genome MLST,cgMLST)、核糖体MLST(Ribosomal MLST)和其他的一些细菌分型方法。 PubMLST官网https://pubmlst.org/。 2.mlst: mlst是一款可进行MLST分析的Linux命令行工具,可以处理FASTA/GenBank/EMBL格式的数据(同时支持原文件...
介绍:MLST(Multi-Locus Sequence Typing)是一种基于核酸序列的细菌分型技术,主要用于微生物种群中菌株的分型鉴定。MLST通过细菌内保守但具有足够多态性的基因座(loci)(通常是6到10个)的核苷酸序列来区分不同的菌株。 1.在线分析 (1):MLST 2.0 结果:MLST将基因组与选中物种的管家基因(6-7个基因的不同类型组成)...
多位点序列分型(MLST)是一种基于多位点标记的分型方法,用于分类和比较不同菌株间的遗传变异。MLST通常用于研究细菌和真菌的系统发育和传播路径,特别是对于一些致病菌的病原变异和流行病学研究具有重要意义。 MLST的基本原理是通过分析多个共有的核酸片段序列来确定菌株的类型。这些片段通常选择一些高度保守且稳定的基因,...
MLST在微生物学研究中有广泛的应用。首先,它可以用于研究病原微生物的流行病学。通过对不同地理区域和时间点的样品进行MLST分型,可以了解不同序列型的分布情况,从而揭示疾病传播途径和流行趋势。其次,MLST还可以用于鉴定微生物的种属和亚种。通过比对已知序列型数据库中的数据,可以将未知样品与已知物种进行比较,并确定...
多位点序列分型(MLST) 在病原微生物学研究领域,了解并区分不同的细菌株对于疾病的预防和治疗至关重要。多位点序列分型(MLST,Multilocus sequence typing (MLST))技术,则是一种高精度的细菌特征鉴定方法。 MLST的工作原理 MLST的核心在于分析细菌基因组中通常是七个关键的守护基因(house-keeping genes)。这些基因在细...
多位点序列分型(MLST) BioNumerics 为多位点序列分型(MLST)提供了一个全自动的分析流程。通过 MLST 插件,BioNumerics 软件被广泛用于 MLST 序列的存储和分析。 BioNumerics 自动分析批量序列跟踪文件,连接 pubMLST 数据库,检索相应的等位基因编号、序列型以及可用克隆复合体 clonal complex 信息。
多位点序列分型(Multilocus sequence typing, MLST)[1]是近年来针对细菌分型发展很快的一种分子生物学分析方法,具有很高的分辨力,既适用于分子流行病学研究,也可用于分子进化学的研究。该方法被广泛应用于病原菌、环境菌和真核生物中。 MLST主要是基于测定核苷酸序列的一种细菌分型方法,通过PCR扩增6~10个管家基因...
多位点序列分型MLST应用 DOh10.3784~.issn.1003-9961.2008.10. 020 塑生 —旦箜23鲞箜 ~—]D —isease —Sur —veillan ～ce,0ct.3, ,Vol一 .23,No.10 多位点序列分型及其应用 张少敏(综述),徐建国(指导) ·综述· 摘要: 多位点序列分型(muhilocussequencetyping,MLST)是一种基于核酸序列测定的细菌...
中国疾病预防控制中心 传染病预防控制所呼吸道传染病室肺炎链球菌相关实验技术操作手册多位点序列分型引物附录(MLST Typing Primers List)肺炎链球菌MLST等位基因名称: aroE (shikimate dehydrogenase):莽草酸脱氢酶 gdh (glucose-6-phosphate dehydrogenase) :葡萄糖-6-磷酸脱氢酶 gki (glucose kinase) :葡萄糖激酶 ...