介绍:MLST(Multi-Locus Sequence Typing)是一种基于核酸序列的细菌分型技术,主要用于微生物种群中菌株的分型鉴定。MLST通过细菌内保守但具有足够多态性的基因座(loci)(通常是6到10个)的核苷酸序列来区分不同的菌株。 1.在线分析 (1):MLST 2.0 结果:MLST将基因组与选中物种的管家基因(6-7个基因的不同类型组成)...
1.PubMLST: PubMLST是一个经典的在线细菌分型工具,除MLST外,还提供核心基因组MLST(core genome MLST,cgMLST)、核糖体MLST(Ribosomal MLST)和其他的一些细菌分型方法。 PubMLST官网https://pubmlst.org/。 2.mlst: mlst是一款可进行MLST分析的Linux命令行工具,可以处理FASTA/GenBank/EMBL格式的数据(同时支持原文件...
多位点序列分型(MLST)是一种基于多位点标记的分型方法,用于分类和比较不同菌株间的遗传变异。MLST通常用于研究细菌和真菌的系统发育和传播路径,特别是对于一些致病菌的病原变异和流行病学研究具有重要意义。 MLST的基本原理是通过分析多个共有的核酸片段序列来确定菌株的类型。这些片段通常选择一些高度保守且稳定的基因,...
它通过分析多个特定基因的序列变异,将微生物分为不同的序列型,从而揭示它们之间的遗传关系和种群结构。本文将介绍MLST的原理、应用和未来发展方向。 首先,MLST的原理是基于PCR扩增和DNA测序技术。研究者选择一组特定的基因作为标记位点,这些基因在不同微生物中具有一定程度的保守性和变异性。通过PCR扩增这些基因片段,并...
多位点序列分型(MLST) 在病原微生物学研究领域,了解并区分不同的细菌株对于疾病的预防和治疗至关重要。多位点序列分型(MLST,Multilocus sequence typing (MLST))技术,则是一种高精度的细菌特征鉴定方法。 MLST的工作原理 MLST的核心在于分析细菌基因组中通常是七个关键的守护基因(house-keeping genes)。这些基因在细...
BioNumerics 为多位点序列分型(MLST)提供了一个全自动的分析流程。通过 MLST 插件,BioNumerics 软件被广泛用于 MLST 序列的存储和分析。 BioNumerics 自动分析批量序列跟踪文件,连接 pubMLST 数据库,检索相应的等位基因编号、序列型以及可用克隆复合体 clonal complex 信息。
多位点序列分型(MLST)及其应用 下载积分: 900 内容提示: DOh10. 3784~. issn. 1003- 9961. 2008. 10. 020 塑 生— 旦箜23鲞箜 ~ — ] D—isea se—Sur—v eil lan～ ce,0ct. 3 , , Vo o l一 . 23,No . 10 多位点序列分型及其应用 张少敏(综述) , 徐建 国(指导) ·综述· 摘要: ...
链球菌点序列肺炎分型mlsttyping 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所呼吸道传染病室 肺炎链球菌相关实验技术操作手册 多位点序列分型 (MultiLocusSequenceTyping) 试验开始前,请准备: 冰浴。扩增体系配制及样品添加过程需在冰浴上操作。 将冷冻保存的试剂取出,室温放置融化后冰浴上备用;Taq酶直接放置在冰浴上。 1.5...
中国疾病预防控制中心 传染病预防控制所呼吸道传染病室肺炎链球菌相关实验技术操作手册多位点序列分型引物附录(MLST Typing Primers List)肺炎链球菌MLST等位基因名称: aroE (shikimate dehydrogenase):莽草酸脱氢酶 gdh (glucose-6-phosphate dehydrogenase) :葡萄糖-6-磷酸脱氢酶 gki (glucose kinase) :葡萄糖激酶 ...