黑色箭头表示TE FC最高的区域(梯度强度表示TE FC的程度;z轴=TE FC,x轴=平均m6A变化,y轴=RNA seq FC);F:沿着RNA FC和TE FC平面轴的2D散点图,GSC分化后上调的(红色,102个基因)和下调的基因子集(蓝色,120个基因);G:沿着平均m6A变化和TE FC轴旋转图,黑色箭头表示TE ...
在该论文中,作者利用RNA-seq和miRNA-seq分析揭示了杨树患病叶片中差异表达的基因以及miRNA。其中,miRNA-seq数据分析显示在短期病叶(SD,有新出现的轻微花叶症状)中共鉴定到84个差异表达的miRNA,在长期病叶(LD,具有典型且显著的花叶症状)中共鉴定到89个差异表达的miRNA。这些差异表达的miRNA中有78个是已知的,它们属于...
说起siRNA、shRNA和miRNA就不得不提RNA干扰(RNA interference,RNAi),它是指由一段短双链RNA引起的基因沉默现象。1998年,Andrew Z. Fire等在实验中发现,单独使用纯化的正义RNA链或者反义RNA,不能导致秀丽隐杆线虫的肌肉抽搐,作为对照加入的双链RNA则具有极强的抽搐效果[1]。加入的双链RNA的抑制效果远强于理论上...
MiRNA-seq是一种使用NGS技术的RNA测序(RNA-seq)。与其他形式的RNA-seq相反,在miRNA-seq中,输入材料通常富含小RNA。它的 缺点包括数据分析和解释所需的计算基础设施、高成本和平台无关偏差(Pritchard、Cheng和Tewari,2012)。高通量测序的深度是指测序过程中读取核苷酸的平均次数,miRNA-seq直接与其相对表达水平相关(Chur...
microRNA(miRNA)属于small ncRNAs,是一类大小为21-23nt的单链短RNA分子。miRNA是基因表达的主要调节分子。miRNA以序列互补配对的方式与特异靶mRNA 的3’UTR结合,通过降解靶mRNA或抑制其蛋白翻译调控基因的表达。miRNA不但在基本的生物学过程,如发育、应激反应、代谢和基因组完整性维持等方面有基本而重要的调控作用;在...
siRNA是瞬时转化,无法长时间维持和检测,而且无法遗传到下一代,而shRNA可以整合到细胞基因组中,子代仍能发挥作用。 4、表达水平 siRNA在细胞内的含量是由使用的RNA数量和转化效率决定的,随着时间的增加逐渐减少,而shRNA可通过对启动子的诱导调控,控制表达水平,且能够持续表达。
第三种方法是依靠连接一个单端的3’接头，然后进行环化(RealSeq的方法)。此外，在文库构建的PCR扩增过程中也会增加定量的偏倚。为了降低PCR过程中的PCR偏倚，UMI被引进用于识别和移除PCR重复（QIAseq的方法），但是这种方法在small RNA-seq中的效率是存疑的。此外，EdgeSeq平台利用捕获杂交探针和目的序列进行数据的读取...
经过RNA-Seq分析,也证明 ECs中miRNA的靶基因确实受到了miRNA的调控。这些数据表明,巨噬细胞确实会利用外泌体运输miRNA,通过内吞作用进入其他细胞并发挥调控作 用,以起到远程调控的功能。 随着研究的不断深入,人们日益认识到,外泌体所包含的miRNA可能会成为诊断和治疗某些疾病的特殊标志物,而本研究的意义在于,它...
27. Shi H, et al. Bias in RNA-seq library preparation: current challenges and solutions. BioMed Res Int, 2021, 2021: 6647597. DOI: 10.1155/2021/6647597. 28. Ivanov YD, et al. "Silicon-On-Insulator"-Based biosensor for the detectio...
因为我有RNA-seq的基础,所以理解学习起来比较简单。 在这里记录自己的学习过程,希望对需要的朋友有帮助。 这里选择的文章是2014年发表的,作者用ET-1刺激human iPSCs (hiPSC-CMs) 细胞前后,观察miRNA和mRNA表达量的变化,我并没有细看文章的生物学意义,仅仅从数据分析的角度解读一下这篇文章,mRNA表达量用的是...