黑色箭头表示TE FC最高的区域(梯度强度表示TE FC的程度;z轴=TE FC,x轴=平均m6A变化,y轴=RNA seq FC);F:沿着RNA FC和TE FC平面轴的2D散点图,GSC分化后上调的(红色,102个基因)和下调的基因子集(蓝色,120个基因);G:沿着平均m6A变化和TE FC轴旋转图,黑色箭头表示TE ...
MiRNA-seq是一种使用NGS技术的RNA测序(RNA-seq)。与其他形式的RNA-seq相反,在miRNA-seq中,输入材料通常富含小RNA。它的 缺点包括数据分析和解释所需的计算基础设施、高成本和平台无关偏差(Pritchard、Cheng和Tewari,2012)。高通量测序的深度是指测序过程中读取核苷酸的平均次数,miRNA-seq直接与其相对表达水平相关(Chur...
https://sfold.wadsworth.org/cgi-bin/sirna.pl(无需注册,靶标序列要求在250bp以内,不够简洁但内容丰富),http://sidirect2.rnai.jp/(siDirect 2.0,无需注册,界面也比较友好,比较推荐),https://www.invivogen.com/sirnawizard/(invivogen公司的在线工具,提供siRNA靶标搜索、加扰对照,提供对应的shRNA设计)[...
由于小RNA文库中会存在一定比例的rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA和mRNA降解片段等其他类型的短RNA,而且有的研究需要发现新的miRNA,而有的只需要基于已发现的miRNA,所以目前各家的处理流程(包括软件、reads过滤流程、参考基因组类型)也是差异很大。也有一些课题组在做一体化的miRNA-seq数据处理分析平台的开发。我看过一些work...
该教程分为2部分,第1部分在:miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline:从raw reads,鉴定已知miRNA-预测新miRNA,到表达矩阵【一】 到此时,原始的单端小RNA测序已经完成了质量过滤和接头修剪、rfam+ensembl非编码小RNA的序列过滤工作。 5.与参考基因组外显子和内含子的比对 ...
微小RNA（miRNA）是一种长度约为22个核苷酸的单链非编码RNA，以组织特异性和时序方式表达，并通过miRNA反应元件参与转录本的调控。内源性miRNA的失调可能成为多种疾病的基础，包括感染、癌症、血管和神经系统疾病。近年研究表明miRNA参与肝星状细胞的活化，从而驱动肝纤维化的发生和进展。本研究旨在基于人原代HSC的高...
RNA-seqmiRNA-seq联合分析再接下来可以进行主成分分析对整个表达矩阵计算主成分然后选取前面两个主成分绘制pca图可以看见pca1代表了原本36的信息量pca2代表了原本10的信息量然后normal和其他两类比较能分得开比起之前那次作业芯片数据这次的紧致性要好得多 RNA-seqmiRNA-seq联合分析 RNA-seq miRNA-seq联合分析 背景...
五年前我在生信菜鸟团博客分享了一篇文章学会miRNA-seq分析,使用 RNA expression profiling of human iPSC-derived cardiomyocytes in a cardiac hypertrophy model.PLoS One2014;9(9):e108051. PMID:25255322文章里面的https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE60292数据集,2个分组,共6个样本。
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说起siRNA、shRNA和miRNA就不得不提RNA干扰(RNA interference,RNAi),它是指由一段短双链RNA引起的基因沉默现象。1998年,Andrew Z. Fire等在实验中发现,单独使用纯化的正义RNA链或者反义RNA,不能导致秀丽隐杆线虫的肌肉抽搐,作为对照加入的双链RNA则具有极强的抽搐..