输入miRNA ID进行转换 miRNA_id="miRNA_ID"#替换为实际的miRNA ID gene_symbol=miRNA_to_GeneSymbol(miRNA_id) if gene_symbol: print("miRNA{}对应的基因符号为:{}".format(miRNA_id,gene_symbol)) else: print("未找到与miRNA{}对应的基因符号".format(miRNA_id)) 请注意: 在代码中,需要替换miRNA_ID...
# Joining, by = c("database", "mature_mirna_acc", "mature_mirna_id", "target_symbol", "target_entrez", "target_ensembl", "type") # Joining, by = c("database", "mature_mirna_acc", "mature_mirna_id", "target_symbol", "target_entrez", "target_ensembl", "type") save(example...
需要提醒大家的是,搜索的时候要记得用规范的names哈,基因用Gene symbol不是其他ID类型,小鹿试了下字母的大小写没什么影响。Download部分,使用起来也很简单了,点击箭头所示的“zip”“txt”或者人形图片里的红色点点或者右图里的词云都可以下载数据哦!数据库的介绍就到这里。从数据量的角度来说,MSDD的数据量不是很大...
1. Undirectional search 这种方式直接检索mirDIP中整理好的非冗余数据集,可以根据miRNA ID或者gene symbol进行检索,检索结果示意如下 2. Bidirectional search 这种方式可以根据特定来源数据库对结果进行筛选,示意如下 3. miRNA-gene matrix 这种方式采用matrix的形式展示多个miRNA或者gene的靶基因结果,示意如下 在最后一列...
对于Gene, 支持gene symbol, Entrez Id, Ensembl-ID等多种格式,也支持输入对应的转录本ID, 比如Refseq和Ensembl数据库中的转录本ID。 检索结果如下所示 页面非常简洁,只有一个结果下载的功能。 2. 一次检索多个miRNA/gene 检索框如下 支持一次检索多个miRNA或者Genes,适用于分析转录组数据得到的差异gene/miRNA对应的...
2. 在“lncRNAGene Symbol”对话框中输入H19 3. 点击“search”,查询即可获取 三、LncRNA与蛋白RNP结合预测 长链非编码RNAs(longnon-coding RNAs,lncRNAs)在表观遗传、转录和转录后水平上调控基因表达中起着重要作用,能够通过多种机制,包括遗传印记、染色质重塑、剪切调控、mRNA降解和翻译调控确定lncRNAs的功能,探...
在miRWalk 3.0的使用体验中，无论是miRNA调控基因的单向预测，还是基因调控miRNA的双向探索，都无比简便。只需输入Gene symbol、Entrez ID或Ensembl-ID，即可启动智能搜索。对于miRNA，无论是mirBase编号还是家族名称，miRWalk都能轻松识别。对于初次接触转录组分析的新手，这里还贴心地提供了microRNA家族...
if (!require("clusterProfiler")) BiocManager::install("clusterProfiler") library(clusterProfiler) # 转换基因ID entrez_ids <- mapIds(org.Hs.eg.db, keys = rownames(sig_genes), column = "ENTREZID", keytype = "SYMBOL") # KEGG富集分析 kegg_res <- enrichKEGG( gene = na.omit(entrez_ids)...
lncRNA-miRNA-mRNA互作 lncRNA,miRNA,mRNA互作 通过lncRNA获得结合的miRNA（3个miRNA预测数据库中都存在），再获得miRNA作⽤的靶基因mRNA，靶基因mRNA与任⼀肿瘤差异mRNA取交集，交集mRNA与其相关miRNA,lncRNA作互作图，并将交集mRNA作GO和KEGG富集分析。通过lncRNA获得结合的miRNA 1.lncRNA与miRNA的区别 2.mir...