鉴于miRNA的迅速发现以及功能的阐明，迫切需要一个统一的命名规则与统计规范。来自Sanger研究所的科学家们在2002年开发了microRNA Registry，后更名为miRBase，为miRNA的研究提供了规范和方便[7]。miRBase收录的miRNA条目数从2002年的218个增加到2023年的271个物种，几万条记录。而仅仅人类基因组所编码的miRNA已经达到19...
注意:miRBase 18.0对miRNA成熟体的名称进行了大量的修改,很多带“*”的miRNA都变成了“-5p”或“-3p”。当然,新名称下面对应有其原来的名称。 2)miRNA编号及名称(以动物miRNA为例) miRBase记录了miRNA前体序列及miRNA成熟体序列,其中: ①miRNA前体发夹状结构的miRNA前体转录本以“mir”命名,其编号以“MI”编号,...
1.circBase 使用频率较高的circRNA数据库之一。收集物种包括人类(hg19)、小鼠(mm9)、秀丽线虫(ce6)、黑腹果蝇(dm3)等。提供三种在线查询比对方式,也可下载所需物种的全部circRNA列表和序列信息。 数据库链接:http://www.circbase.org/ 2.CircFunBase 一个综合功能性circRNA数据库,优势在于通过文献收集了有关circR...
一、miRBase数据库 miRBase序列数据库是一个提供包括miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。库中所有数据都可以从首页Download page或直接进入FTP站点下载。 http://www.mirbase.org/index.shtml#数据库主页 ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/#FTP ...
图3，hsa-mir-29b-1成熟体 所以针对最初问题，可以从两个途径来确定：查文献：如果参考的文献中有他所用的hsa-miR-296序列或者Accessionnumber，直接拿序列与现在的hsa-miR-296-5p以及hsa-miR-296-3p比较即可，这样最准确；2. 查mirbase数据库：如果参考的文献没有给出具体序列，只是写hsa-miR-296，那上mir...
miRBase数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。该数据库于2014年6月更新为最新版本V21.0,包含223个物种的35828个成熟的miRNA序列。该数据库提供便捷的网上查询服务,允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息(仅包含...
而今依旧有全新的miRNA被不时发现。据统计，数据库miRBase收录的miRNA条目数从2002年的218个增加至2023年的271个物种，涵盖几万条记录，仅人类基因组所编码的miRNA就已经达到1917个。学界正积极通过改变miRNA的功能、研发新的体内递送方法，寻求对疾病干预治疗的手段。以癌症为例，美国国家癌症协会曾发布研究表示，90%...
1.miRBase miRBase是当前收录miRNA信息最全面的综合型公共数据库之一,由曼彻斯特大学研究人员开发。提供搜索已发表miRNA序列和注释信息,预测基因靶标等功能。当前版本收录物种271(含动植物病毒等)。 数据库链接:http://www.mirbase.org/ 往期教程: 《推荐一个miRNA数据库》 ...
来自Sanger研究所的科学家们在2002年开发了microRNA Registry,后更名为miRBase,为miRNA的研究提供了规范和方便[7]。miRBase收录的miRNA条目数从2002年的218个增加到2023年的271个物种,几万条记录。而仅仅人类基因组所编码的miRNA已经达到1917个。现在依然不断有新的miRNA被发现。另外,我们从pubmed上梳理了miRNA从...
这表明miRNA是一种广泛存在的调控机制。随着越来越多的miRNA发现，截止到2023年miRBase收录的人类miRNA就有1917个，miRNA能参与到许多生理机制的调控，并且可以作为某些疾病的标志物，miRNA的作用越来越来重要。一、miRNA的生成 miRNA是真核生物中广泛存在的一种长约21-23个核苷酸的RNA分子，可调节其他基因的表达。大...