1.读取mircode的lncRNA数据 rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)mircode=read.delim("mircode_highconsfamilies.txt.gz",stringsAsFactors=F);dim(mircode) ## [1] 1329071 12 2.将lncRNA的数据挑选出来 colnames(mircode) ##[1]"gene_id""gene_symbol""gene_class"##[4]"microrna""seed_pos""...
通过检索功能可以方便的检索数据库中的信息,检索框如下所示 可以根据基因类别,结合位点保守性以及在转录本上的分布对结果进行过滤和筛选,检索结果示意如下 随着Gencode, targetscan等数据库的不断更新,目前看来,该数据库中的内容显得过于老旧,但是其分析的思路仍然值得借鉴。 关于“miRcode数据库有什么用”这篇文章就...
miRNA数据库篇——MISIM:mircoRNA功能相似性数据库 MISIM:mircoRNA 功能相似性查询数据库 MISIM是一个可以用来预测miRNA之间功能相似性的数据库。 http://www.lirmed.com/misim/Home 如上图所示,MISIM一共分为五个功能。其中两个是比较miRNA之间的相似性的功能。其中分别是输入多个miRNA,比较miRNA之间的相似性。
miRcode：⼈类miRNA结合图谱数据库TargetScan是⼀款预测miRNA结合位点的软件，对于哺乳动物中miRNA结合位点预测的效果⾮常好。为了更加⽅便的进⾏miRNA的研究，针对⼈类中的miRNA, miRcode的开发者预测了miRNA与多种类型的RNA的相互作⽤，⽐如mRNA, lncRNA等，并将结果整理成了数据库，⽅便⼤家的使...
miRcode:人类miRNA结合图谱数据库 欢迎关注”生信修炼手册”! TargetScan是一款预测miRNA结合位点的软件,对于哺乳动物中miRNA结合位点预测的效果非常好。为了更加方便的进行miRNA的研究,针对人类中的miRNA, miRcode的开发者预测了miRNA与多种类型的RNA的相互作用,比如mRNA,lncRNA等,并将结果整理成了数据库,方便大家的使用...
miRcode:人类miRNA结合图谱数据库 欢迎关注”生信修炼手册”! TargetScan是一款预测miRNA结合位点的软件,对于哺乳动物中miRNA结合位点预测的效果非常好。为了更加方便的进行miRNA的研究,针对人类中的miRNA, miRcode的开发者预测了miRNA与多种类型的RNA的相互作用,比如mRNA, lncRNA等,并...
TargetScan是一款预测miRNA结合位点的软件,对于哺乳动物中miRNA结合位点预测的效果非常好。为了更加方便的进行miRNA的研究,针对人类中的miRNA, miRcode的开发者预测了miRNA与多种类型的RNA的相互作用,比如mRNA,lncRNA等,并将结果整理成了数据库,方便大家的使用与学习,网址如下 ...
TargetScan是一款预测miRNA结合位点的软件,对于哺乳动物中miRNA结合位点预测的效果非常好。为了更加方便的进行miRNA的研究,针对人类中的miRNA, miRcode的开发者预测了miRNA与多种类型的RNA的相互作用,比如mRNA,lncRNA等,并将结果整理成了数据库,方便大家的使用与学习,网址如下 ...