miRcode是一个重要的工具，它为研究microRNA和长链非编码RNA（lncRNA）之间的相互作用提供了有力的支持。这个由瑞典哥德堡大学开发的图谱软件，通过基于GENCODE基因注释的全面转录组预测，揭示了microRNA对lncRNA的可能靶向作用，特别是在编码基因区域，如5'UTR和CDS，以及非编码区域。miRcode不仅考虑了编码...
http://www.mircode.org/index.php 使用miRcode查询miRNA靶点预测过程如下: 在Gene (symbol/accession)和MicroRNA family处输入目标基因,然后选定Gene clas、Site conservation、Transcript region,点击search sites呈现结果如下: 图1 结果中保守性分为灵长类动物、哺乳动物、其他版本,这是根据46个脊椎动物的比较基因组...
TargetScan是一款预测miRNA结合位点的软件,对于哺乳动物中miRNA结合位点预测的效果非常好。为了更加方便的进行miRNA的研究,针对人类中的miRNA, miRcode的开发者预测了miRNA与多种类型的RNA的相互作用,比如mRNA,lncRNA等,并将结果整理成了数据库,方便大家的使用与学习,网址如下 http://www.mircode.org/index.php 基于hg...
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mircode / sql-engine 直接在Hadoop执行SQL,不依赖于Hive和Hbase,纯SQL转MapReduce操作。 Java 12 4 Updated Jul 7, 2016 mircode / sql-file 在规格文件上直接执行SQL,无数据库依赖,基于Java8的流计算和Lamdba表达式。 Java 9 Updated Jun 15, 2017 mircode / sendmail 定时发送邮件小工具 Java...
1.读取mircode的lncRNA数据 rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)mircode=read.delim("mircode_highconsfamilies.txt.gz",stringsAsFactors=F);dim(mircode) ## [1] 1329071 12 2.将lncRNA的数据挑选出来 colnames(mircode) ##[1]"gene_id""gene_symbol""gene_class"##[4]"microrna""seed_pos""...
mircode 生成TOC May 27, 2016 75c97da·May 27, 2016 13 Commits css 万年历 May 27, 2016 dist 万年历 May 27, 2016 doc 万年历 May 27, 2016 img 万年历 May 27, 2016 install 万年历 May 27, 2016 js 万年历 May 27, 2016 lib
2017年 2017-09-20 加入了 mircode/xxpay 7 年前 Fork 了 计全科技/jeepay 到 mircode/xxpay 7 年前 已隐藏 6 条仓库信息, 展开查看 2016年 2016-09-27 加入了 mircode/iBase4J 8 年前 Fork 了 iBase4J/iBase4J 到 mircode/iBase4J 8 年前 已隐藏 10 条仓库信息, 展开查看 加载更多 深圳...
miRcode: a map of putative microRNA target sites in the long non-coding transcriptome. Bioinformatics 2012; 28: 2062-2063 [PMID: 22718787 DOI: 10.1093/bioinformatics/bts344]Jeggari A, Marks DS, Larsson E. miRcode: a map of putative microRNA target sites in the long non-coding ...
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