./minimap2 -ax map-hifi ref.fa pacbio-ccs.fq.gz > aln.sam # PacBio HiFi/CCS genomic reads (v2.19 or later) ./minimap2 -ax lr:hq ref.fa ont-Q20.fq.gz > aln.sam # Nanopore Q20 genomic reads (v2.27 or later) ./minimap2 -ax sr ref.fa read1.fa read2.fa > aln.sam # ...
Minimap2使用了一种称为minimizer的技术来加速比对过程,并能够处理多种类型的测序数据,包括长读段、短读段、cDNA和RNA-Seq数据,广泛应用于以下领域:基因组装和对比、转录组学研究、结构变异检测、元基因组学等 使用文档 超聚变高性能计算HPC应用市场免责声明.pdf ...
conda create -n Minimap2 -y source activate Minimap2 # 安装minimap2 conda install -c bioconda minimap2 方法二:编译安装 # 获取并解压安装包 wget https://github.com/lh3/minimap2/archive/refs/tags/v2.28.tar.gz tar -zxvf v2.28.tar.gz # 切换到软件安装目录 cd minimap2-2.28 # 运行安装 make...
$ minimap2 --MD -t 12 -ax map-hifi Human_ref/GRCh38.fa HG002_1.fastq.gz | samtools view -@ 12 -bS | samtools sort -@ 12 -o HG002_1.minimap2.align.bam $ minimap2 --MD -t 12 -ax map-hifi Human_ref/GRCh38.fa HG003.fastq.gz | samtools view -@ 12 -bS | samtools sort...
Minimap2的原理基于最小相似度比对算法和动态规划算法,它将参考基因组分割为一系列较小的片段,然后将测序读取与这些片段进行比对。与传统的比对算法相比,Minimap2能够更快地找到最佳的比对位置,并生成准确的比对结果。 Minimap2的核心思想是将参考基因组分割为多个片段,然后使用最小相似度比对算法将测序读取与这些片段进...
minimap2的主要思想是:首先将基因组序列的minimizer存储在哈希表中(minimizer指一段序列内最小哈希值的种子);然后对于每一条待比对序列,找到待比对序列所有的minimizer,通过哈希表找出其在基因组中的位置,并利用chaining算法寻找待比对区域;最后将非种子区域用动态规划算法进行比对,得到比对结果。minimap2方法只对最小哈希...
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$ minimap2 -ax map-pbmm2 \ <INPUT_DIR>/${REFERENCE_FILE} \ <INPUT_DIR>/${INPUT_FASTQ} | \ gatk SortSam \ --java-options -Xmx30g \ --MAX_RECORDS_IN_RAM 5000000 \ -I /dev/stdin \ -O cpu.bam \ --SORT_ORDER coordinate Please note that two changes must be made to the basel...
minimap2的主要思想是:首先将基因组序列的minimizer存储在哈希表中(minimizer指一段序列内最小哈希值的种子);然后对于每一条待比对序列,找到待比对序列所有的minimizer,通过哈希表找出其在基因组中的位置,并利用chaining算法寻找待比对区域;最后将非种子区域用动态规划算法进行比对,得到比对结果。minimap2方法只对最小哈希...
minimap2用conda安装 用conda 去搜deepvariant是能够搜到的,但是安装一直没有成功,最后是用的singularity(singularity的路径问题还是没太明白,有时间需要学习singularity) https://github.com/google/deepvariant/tree/r1.6.1 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 singularity pull docker://google/deepvari...