-x:对不同类型数据,设置不同参数 transcriptome.fq 是转录组测序数据文件。 aln.sam 是输出文件名,将比对结果保存为SAM格式。 3.3 优化参数 根据数据特性和分析需求,可以调整一些参数以获得更好的比对效果。 例如: -G 参数控制最大内含子长度,默认是200k。根据需要调整,例如100k: minimap2 -ax map-ont -G 100...
部分参数说明 以下是小编在进行纳米孔测序数据比对中常用的参数,详细使用参数常见Manual Page - minimap2(1) (http://lh3.github.io) -a 生成Sam格式的比对结果,用于后续继续生产bam文件; -c 生成paf文件; -x map-ont 主要用于纳米孔测序数据; —eqx 输出 =/X 用于序列匹配/错配的CIGAR 运算符; --seconda...
因为minimap2输出的是**.sam**文件格式,所以使用**samtools**将**.sam**转换成**.bam**,并且使用**samtools sort**对.bam进行排序。下面是samtools的参数: -@ 线程数. -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式. -S input is SAM 默认下输入是 BAM 文件,若是输入是 SAM 文...
minimap2（版本2.24）的参数 ‘minimap2 -a -x asm5 --cs -r2k -t 16’ 完成了高质量的基因组比对工作。在这里，`-a` 表示执行全文比对，而 `-x asm5` 则选择了高级模式，实现比对优化。`--cs` 参数可能涉及生成比对结果的索引，以便后续分析，而 `-r2k` 参数或与指定区域有关。 `-...
选择预设选项以获得最佳性能和准确性。映射长噪声基因组读取时，调整参数以匹配数据类型。映射长mRNA/cDNA读取时，使用特定选项加快比对速度，提高准确性。通过基因组注释优化比对过程。调整剪接参数以适应不同数据类型。高级功能与限制：处理>65535个CIGAR操作的SAM格式，可能需要选项-L将长CIGAR移动到CG标签。
2> 长读比对:minimap2支持长读必读,需要用 -x 参数指定测序平台 minimap2 -ax map-pb ref.fa pacbio-reads.fq > aln.sam # 用于 PacBio CLR 读长 minimap2 -ax map-hifi ref.fa pacbio-reads.fq > aln.sam # 用于 PacBio CLR HiFi 读长 minimap2 -ax map-ont ref.fa ont-reads.fq > aln....
参数:参数order_by有三个可能的值。size","qstart "或 "supported"。 Size" (默认值)只是将查询序列和目标序列从大到小排列。 qstart "保持查询序列按大小排序,但按目标序列与查询序列的匹配程度重新排列。 小杜的生信筆記”公众号、知乎、简书平台,主要发表或收录生物信息学的教程,以及基于R的分析和可视化(包括...
通过参数指定了绘图的布局文件,LINKVIEW2 在绘图时,有一个层级的概念,文件中的 4 行则对 应了绘图结果中的 4 个层级,第一行指定绘制在第一层级绘制 ctg1 的 1 到 100 bp,第二行指 定在第二层级绘制 ctg3 的 1 到 200 bp 和 ctg2 的 1 到 100 bp。第三行同理。
在使用minimap2时，需要了解其主要选项参数，分为五大类：索引、回帖、比对、输入/输出、预设值。其中，-x选项尤为重要，用于软件预测的不同值，根据数据类型选择合适的值。其他选项包括创建索引文件名的-d选项、指定输出格式为sa格式的-a选项、不输出碱基质量的-Q选项、reads Group信息的-R选项以及线程...