提取的最终结果如下：02 操作步骤 第一步，因为mimic中的疾病数据是根据icd编码查找的，所以我们需要先找出“肺栓塞”对应的icd编码，从下表可以看出肺栓塞的icd编码大部分都是以“415“开头的 第二步，我们需要根据icd编码从诊断表diagnoses_icd中查出患了“肺栓塞“的患者的信息，并根据患者分组，此处小编已经把所...
三，获取患者的体重 mimiciv数据库中患者的体重数据也存放在icu模块的chartevents表中，患者的体重数据有两种类型，分别是入院时测量的体重跟医院每天的测量体重。小编这里取的是患者两种体重的平均值。最终提取出来的“肺栓塞”患者的人口统计学信息如下，小编为了大家学习的连贯性，直接把人口统计学指标加在了原有的指...
schema_name='mimic'# 连接到MIMIC-IV数据库conn=psycopg2.connect(dbname='mimiciv',user='postgres',password='mimic',host='10.234.211.51',port=5432)query_schema='SET search_path to '+schema_name+';'# # # 设置查询语句# # # 我们选择从mimiciv_hosp.admissions表中提取hadm_id等于10006的行。# ...
四，提取红细胞计数 在第二步，阿毅已经从系统中获取到了红细胞积压的指标ID为51221，查询实验室指标，需要从表mimiciv_hosp.labevents表查询。同理，可以查询血小板计数 五，聚合数据 通常针对每个患者的每次住院记录，同一个指标可能会测量很多次，但是我们只需要每个指标取一个值进行分析即可，这就需要用到数据库...
根据MIMIC-IV数据存储的数据库类型(例如PostgreSQL),安装相应的数据库管理系统。 确保所有必要的数据库驱动程序和库文件都已安装,并且建立了到MIMIC-IV数据库的连接。 四、编写SQL查询语句 提取数据的核心步骤是编写SQL查询语句。透过准确的SQL查询语句可以精确获取所需要的数据。
首先我需要知道冠脉搭桥的icd编码都有哪些？因为是mimiciv数据库，表里面还混用了icd9 和 icd10，所以我们两个都要知道。https://www.findacode.com/ 可以从这个网站中查询icd9和icd10的操作和手术代码， 我们科研直接搜索查询 但是这种方法太慢了而且有可能遗漏， 其实我们可以直接问chatgpt， chatgpt对于这种确定...
二、提取进入ICU的基线检验数据（铁蛋白FER为例）很多同学反馈装好mimic数据库后，发现数据量太大，无从下手。对于初学者来说，这些数据完全用不上。我们只需要进入ICU的基线数据，就可以做出很好的临床研究了。如何拿到基线检验结果，帮大家集成了一段代码，轻松搞定 MIMIC-IV 数据库第一天检查的 最大值，最小值...
一、连接mimic-iv数据库 1.1 安装psycopg2包 1.2 导入包、连接数据库、查看所有表名 1.3 读取表...
我们在提取ICU的实验室指标如果要求是入ICU24小时内的，就是用这个来限制，只需改动y2即可（改成你临时表链接人口统计学信息表的表名），其他固定表达；结果：这里面的官方函数mimiciv_derived.DATETIME_SUB， mimiciv_derived.DATETIME_ADD 可以看我这两篇文章了解：MIMIC数据提取教程 - 官方提供的时间函数（一）
MIMIC数据提取教程 - 提取入住ICU第一天生命体征(血氧饱和度、血压、呼吸、体温) 白鲸鱼 公众号: 科研收录 、柚子编程俱乐部 数据源:mimiciv数据库2.2版本 一、MIMIC数据库的subject_id,hadm_id,stay_id subject_id(患者标识符):这是用于唯一标识数据库中每个患者的数字标识符。(身份…阅读全文 赞同5...