R:microtable包β距离计算及PCoA绘制 阅读:94评论:0推荐:0 摘要:rm(list = ls()) setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\microtable") #设置工作目录 library(microeco) library(magrittr) library(tidyverse) library(aplot) l阅读全文 » R:microtable包alpha多样性计算及箱线图绘图 发表于 2024-...
为了解决这个问题,一个名为“microeco”的R包被提出,旨在处理微生物群落和环境数据。这个包基于R6类系统开发,结合了微生物群落生态学研究中常用的一系列方法和高级方法。本期我们将详细介绍microeco包中的LEfSe分析。首先,我们使用示例数据建立microtable对象,并进行数据过滤处理。最后,对特定数据集进行LEfSe分析及可视化...
为了解决这个问题,一个名为“microeco”的R包应运而生,它为微生物群落和环境数据的分析提供了一个集成的解决方案。microeco包是基于R6类系统开发的,结合了微生物群落生态学研究中常用的一系列方法和高级方法。它可以帮助我们更高效地进行数据分析,减少不必要的繁琐步骤。本期我们将深入探讨microeco包在数据分析中的...
dataset$tax_table%<>%subset(Kingdom=="k__Bacteria")dataset$filter_pollution(taxa=c("mitochondria","chloroplast"))dataset$tidy_dataset()## 当OTU数目比较多时候,使用R包WGCNA提代R中基础函数计算相关性 # 加载WGCNA包 t1<-trans_network$new(dataset=dataset,cal_cor="WGCNA",# 使用WGCNA包计算相关性 ...
## 当OTU数目比较多时候,使用R包WGCNA提代R中基础函数计算相关性 # 加载WGCNA包 t1 <- trans_network$new(dataset = dataset, cal_cor = "WGCNA", # 使用WGCNA包计算相关性 taxa_level = "OTU", # 选择分类水平,可选OTU, Genus, Family, Order, Class, Phylum, Kingdom ...
经过小编对soil_amp.R数据进行解析发现该R数据集是采用microeco包中建立微表的方式构建的,我们解析后发现了该微表共输入了四个数据分别是otu表(feature_table.csv),样本信息表(sample_table.csv),物种分类表(tax_table.csv)和系统发育树文件(phylo_tree.tre)。 ⚠️一般数据输入采用上述4个表格会流畅的获得...
R语言microeco:一个用于微生物群落生态学数据挖掘的R包。 主要功能R6类;分类群丰度图,维恩图,Alpha多样性,Beta多样性,差异丰度分析,环境数据分析,零模型分析,网络分析,功能分析。 install.packages("microeco") library(microeco) library(magrittr) library(ggplot2) ...
betaMNTD和betaMPD的算法经过优化,比picante包中的算法更快。rbray和betaNTI(或betaNRI)的组合可以用来推断在特定假设下支配群落聚集的每个生态过程的强度。这可以通过函数cal_process()来解析每个推断进程的百分比来实现。我们首先检查系统发育信号。 > t1 <- trans_nullmodel$new(dataset, taxa_number = 1000, ...
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为了解决这个问题,我们提出了一个集成的R包--'microeco'作为处理微生物群落和环境数据的分析管道。这个包是基于R6类系统开发的,结合了微生物群落生态学研究中的一系列常用和先进的方法。该软件包包括数据预处理、分类群丰度绘制、维恩图、α多样性分析、β多样性分析、差异丰度测试和指标分类群分析、环境数据分析、...