为了解决这个问题,一个名为“microeco”的R包被提出,旨在处理微生物群落和环境数据。这个包基于R6类系统开发,结合了微生物群落生态学研究中常用的一系列方法和高级方法。本期我们将详细介绍microeco包中的LEfSe分析。首先,我们使用示例数据建立microtable对象,并进行数据过滤处理。最后,对特定数据集进行LEfSe分析及可视化...
为了解决这个问题,一个名为“microeco”的R包应运而生,它为微生物群落和环境数据的分析提供了一个集成的解决方案。microeco包是基于R6类系统开发的,结合了微生物群落生态学研究中常用的一系列方法和高级方法。它可以帮助我们更高效地进行数据分析,减少不必要的繁琐步骤。本期我们将深入探讨microeco包在数据分析中的...
分类:R包 microeco 王哲MGG_AI 粉丝-152关注 -0 +加关注 0 0 «UniRef90数据库和UniRef50数据库的区别 »R:microtable包计算相对丰度堆叠柱状图 posted @2024-06-05 20:29王哲MGG_AI阅读(235) 评论(0)编辑收藏举报 microec_ 24/06/05 20:2923500 ...
#加载安装包 library(microeco) library(tidyverse) library(ggplot2) #首先需要导入所需数据,OTU表 样品信息 注释文件 fasta文件 tree文件 otu_table_16S <- read.delim('ASV_table_16S.txt', row.name = 1, check.names = FALSE) sample_info_16S<-read.delim('sample_info_16S...
摘要:(一)准备示例数据 加载microeco包: library(microeco) 加载示例数据集: data(sample_info_16S) data(otu_table_16S) data(taxonomy_table_16S) data(phylo_tree_16S) data(env_dat阅读全文 » 王哲_UJN_MGG_AI 杨柳迷离晓雾中,杏花零落五更钟。
microeco包:微生物分析神器 🚀 福建农林大学的研究团队开发的microeco R包,让扩增子测序数据分析变得简单又高效! 🔬 还在为扩增子测序数据分析头疼?microeco来帮你!这款由姚敏杰教授团队开发的R包,功能强大且易于使用,已经成为学术界的热门工具,被引用644次! 🧬 微生物网络分析:揭秘“微生物朋友圈”! 微生物...
为了解决这个问题,作者提出了一个集成的R包—“microeco”,作为处理微生物群落和环境数据的分析流程。这个包是基于R6类系统开发的,并且结合了微生物群落生态学研究中常用的一系列方法和高级方法。后续我们逐一介绍这个包的用法,本期介绍绘制带箱线图的PCoA图。 本期主要介绍microeco包进行构建数据集、数据集过滤,接...
meconetcomp包是microeco包的扩展包。两个包均由福建农林大学姚敏杰教授团队开发,专注于扩增子测序数据的集成分析。Meconetcomp发表在国人创建的顶级生物信息学期刊iMeta中。其中meconetcomp包提供了一种比较微生物共现网络的流程,具有较高的灵活性和可扩展性,可以帮助用户高效地比较不同组样本或不同构建方法构建的网络...
betaMNTD和betaMPD的算法经过优化,比picante包中的算法更快。rbray和betaNTI(或betaNRI)的组合可以用来推断在特定假设下支配群落聚集的每个生态过程的强度。这可以通过函数cal_process()来解析每个推断进程的百分比来实现。我们首先检查系统发育信号。 > t1 <- trans_nullmodel$new(dataset, taxa_number = 1000, ...
我以前写过临床微生物组的文章,其中数据分析用过microeco包,在这里,将我学到的资源分享给大家。 R语言microeco:一个用于微生物群落生态学数据挖掘的R包。 主要功能R6类;分类群丰度图,维恩图,Alpha多样性,Beta多样性,差异丰度分析,环境数据分析,零模型分析,网络分析,功能分析。