为了解决这个问题,一个名为“microeco”的R包被提出,旨在处理微生物群落和环境数据。这个包基于R6类系统开发,结合了微生物群落生态学研究中常用的一系列方法和高级方法。本期我们将详细介绍microeco包中的LEfSe分析。首先,我们使用示例数据建立microtable对象,并进行数据过滤处理。最后,对特定数据集进行LEfSe分析及可视化...
为了解决这个问题,作者提出了一个集成的R包—“microeco”,作为处理微生物群落和环境数据的分析流程。这个包是基于R6类系统开发的,并且结合了微生物群落生态学研究中常用的一系列方法和高级方法。后续我们逐一介绍这个包的用法,本期介绍绘制带箱线图的PCoA图。 本期主要介绍microeco包进行构建数据集、数据集过滤,接...
经过小编对soil_amp.R数据进行解析发现该R数据集是采用microeco包中建立微表的方式构建的,我们解析后发现了该微表共输入了四个数据分别是otu表(feature_table.csv),样本信息表(sample_table.csv),物种分类表(tax_table.csv)和系统发育树文件(phylo_tree.tre)。 ⚠️一般数据输入采用上述4个表格会流畅的获得...
分类:R包 microeco 王哲MGG_AI 粉丝-152关注 -0 +加关注 0 0 «UniRef90数据库和UniRef50数据库的区别 »R:microtable包计算相对丰度堆叠柱状图 posted @2024-06-05 20:29王哲MGG_AI阅读(235) 评论(0)编辑收藏举报 microec_ 24/06/05 20:2923500 ...
library(microeco) library(tidyverse) library(ggplot2) #首先需要导入所需数据,OTU表 样品信息 注释文件 fasta文件 tree文件 otu_table_16S <- read.delim('ASV_table_16S.txt', row.name = 1, check.names = FALSE) sample_info_16S<-read.delim('sample_info_16S.txt', row.name = 1, check.names...
R包microeco:微生物新宠 在微生物群落生态学的研究中,高通量测序技术为我们提供了大量的扩增子群落数据。然而,对这些数据进行初步的生物信息学分析后,如何进行后续的统计和数据挖掘仍然是一个挑战。为了解决这个问题,一个名为“microeco”的R包应运而生,它为微生物群落和环境数据的分析提供了一个集成的解决方案。
microeco包:微生物分析神器 🚀 福建农林大学的研究团队开发的microeco R包,让扩增子测序数据分析变得简单又高效! 🔬 还在为扩增子测序数据分析头疼?microeco来帮你!这款由姚敏杰教授团队开发的R包,功能强大且易于使用,已经成为学术界的热门工具,被引用644次! 🧬 微生物网络分析:揭秘“微生物朋友圈”! 微生物...
R:microtable包β距离计算及PCoA绘制 阅读:95评论:0推荐:0 摘要:rm(list = ls()) setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\microtable") #设置工作目录 library(microeco) library(magrittr) library(tidyverse) library(aplot) l阅读全文 » ...
microeco v1.11.0 • set sample.size = NULL in rarefy_samples in microtable class • check tbl_df format for tidy_taxonomy function and all input tables in microtable class • fix one sample error in filter_taxa of microtable class...
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