3) 重组装Reassemble_bins:利用原始序列和评估软件二次组装,改善Bin的N50、完整度4) 定量Quant_bins: 估计样品中每个bin的丰度并热图展示 5)气泡图Blobology: blobplots可视化群体的contigs的物种和Bin分布 6) 物种注释Classify_bins: 对Bin物种注释 7) 基因注释Annotate_bins: 预测Bin中的基因 软件安装 系统要求 ...
物种注释Classify_bins 物种注释模块用于对提纯后的基因组bin进行分类学注释。这个过程可以帮助我们确定每个bin所属的物种或更高的分类层次,从而更好地理解样本中的微生物群落组成。 其实Bin提纯和重组装中,在checkM的stat文件中,就有物种的注释结果,但软件和数据库都不完善。基于NCBI_nt和NCBI_tax数据库,MetaWRAP使用...
/home/wentao/miniconda3/envs/metawrap/bin/metawrap 物种注释:这里需要指定kraken数据库。 metawrap classify_bins -b BIN_REFINEMENT/metaWRAP_bins -o BIN_CLASSIFICATION -t 36 CheckM_databases数据库下载地址: https://data.ace.uq.edu.au/public/CheckM_databases/ 功能注释 metaWRAP annotate_bins -o FUNCT_...
metawrap classify_bins模块在NCBI_nt和NCBI_tax数据库基础上,使用工具Taxator-tk对每条contigs进行分类学注释,然后再估计bins的分类。注释结果的准确性也是由参考数据库决定的。 物种注释 步骤十 annotate_bins 分箱基因功能注释 bin_funct_annotations prokka完成的gff文件 bin_translatedgenes 翻译后的基因蛋白序列 bin...
基于NCBI_nt和NCBI_tax数据库,我们使用 Taxator-tk 进行每条contig物种注释,再估计bin整体的物种。注释结果的准确性由参考数据库决定(如参考库中有错误,我们无法识别,只能将错就错)。 此步8线程用时12分钟。 # real 12m, user 84m metawrap classify_bins -b BIN_REASSEMBLY/reassembled_bins -o BIN_CLASSIFICA...
6) 物种注释Classify_bins: 对Bin物种注释 7) 基因注释Annotate_bins: 预测Bin中的基因 软件安装 系统要求 系统要求是由处理的数据量决定的。其中一些软件,如KRAKEN、metaSPAdes对内存需求较高,推荐服务器至少8+核,64+GB内存,仅支持64位Linux系统。对于300 GB以上数据用户,推荐配置48核,512内存或更高。
设置数据库 进行物种注释需要使用数据库 which metawrap # metawrap 位置 /home/wentao/miniconda3/envs/metawrap/bin/metawrap 物种注释:这里需要指定kraken数据库。 metawrap classify_bins -b BIN_REFINEMENT/metaWRAP_bins -o BIN_CLASSIFICATION -t 36
metawrap quant_bins -b BIN_REFINEMENT/metaWRAP_bins -t 8 -o QUANT_BINS -a ASSEMBLY/final_assembly.fasta CLEAN_READS/ERR*fastq 结果包括bin丰度热图QUANT_BINS/genome_abundance_heatmap.png。 如果想自己画图,原始数据位于QUANT_BINS/abundance_table.tab ...
基于NCBI_nt和NCBI_tax数据库,我们使用 Taxator-tk 进行每条contig物种注释,再估计bin整体的物种。注释结果的准确性由参考数据库决定(如参考库中有错误,我们无法识别,只能将错就错)。 此步8线程用时12分钟。 # real 12m, user 84m metawrap classify_bins -b BIN_REASSEMBLY/reassembled_bins -o BIN_CLASSIFICA...
物种注释:这里需要指定kraken数据库。 metawrap classify_bins -b BIN_REFINEMENT/metaWRAP_bins -o BIN_CLASSIFICATION -t 36 CheckM_databases数据库下载地址: https://data.ace./public/CheckM_databases/ 功能注释 metaWRAP annotate_bins -o FUNCT_ANNOT -t 32 -b BIN_REFINEMENT/metaWRAP_bins/ 这一步出现错...