每一行代表一个study的gwas分析结果,对应的文件格式如下 MARKERNAME代表SNP位点的名称,STRAND代表链的方向,IMPUTED代表该位点是否是填充得到的,EA代表tested allele,NEA代表other allele, 对于连续型的性状,要求输入BETA和SE两列,对于二分类的性状,要求输入OR,OR_95L,OR_95U3列,代表odd ratio以及95%置信区间。 默认...
GWAS汇总数据的meta分析,是使用适当的权重将不同的GWAS整合到一起(可以是相同的疾病或者性状,也可以是几个有关联的疾病或者性状) 其在复杂遗传疾病和性状的gwas研究中日益成为重要的工具 R语言实现:metal软件 #准备好GWAS数据 #使用metal软件,执行GWAS的meta分析 snplist <- read.xlsx("./原文/1-s2.0-S016517812...
Table S2. GWAS meta-analysis results, European Ancestry, ACD 软件实现【2】: 1. 下载原始数据 我们需要vcf格式的文件 2. vcf文件解析:PLINK 使用PLINK软件中的VCF解析器,如vcftools或bcftools,将VCF文件转换为BOLT-LMM所需的格式 3. 运行单个GWAS分析:BOLT-LMM 运行单个研究GWAS:对于ieu-a-7和ebi-a-GCST...
下面主要讲述如何进行GWAS分析和meta-analysis分析的详细步骤。主要分以下三部分展开:(1)GWAS软件的选择;(2)GWAS软件fastGWA的具体使用方法;(2)如何将多个GWAS的结果结合起来进行meta-analysis. 一、GWAS软件的选择 针对做GWAS分析的样本有一定的亲缘关系,则需要在进行GWAS分析时使用混合线性模型。下面调研了做GWAS分析使...
就是整合分析,大概是借鉴了医学里的meta分析,将不同的GWAS整合到一起,可以是同一个trait,也可以是几个类似的trait,比如psychiatry底下的几种disorders。 Meta-analysis allows for custom analyses of individual studies to conveniently account for population substructure, the presence of related individuals, study...
GWAS meta analysis应该翻译成整合分析,略区别于医学的荟萃分析。GWAS中的meta analysis,是将不同的GWAS整合在一起,减少群体分层的影响,提升了power。(还是不知道原理) 一般用的软件有:plink、GWAMA、METAL 关于Meta的在不同场景下的意思 Meta的字面意思:Meta means about the thing itself. It's seeing the thing...
每一行代表一个study的gwas分析结果,对应的文件格式如下 MARKERNAME代表SNP位点的名称,STRAND代表链的方向,IMPUTED代表该位点是否是填充得到的,EA代表tested allele, NEA代表other allele, 对于连续型的性状,要求输入...
meta-analysis对多个独立研究的成果进行综合评估,该技术在医学,心理学等领域早已广泛使用。虽然该技术的理论基础早已成熟,但是在GWAS分析领域,还是有很多困难需要去克服 GWAS分析SNP位点的数量很大,特别是基因型填充技术的出现,SNP位点数量达到了百万,千万的规模,对于软件而言,运行速度和内存消耗也是巨大挑战 ...
Previously, the largest genome-wide association study (GWAS) meta-analysis of ET reported five risk loci using data from 7177 cases and 475,877 controls from European populations12. Here, we more than double the ET case number, combining 16,480 cases and 1,936,173 controls in a GWAS meta...
GWAS全基因组关联分析summarystatistic概括统计meta- analysis综合分析 有很多概念需要明确区分：⼈有23对染⾊体，其中22对常染⾊体autosome，另外⼀对为性染⾊体sex chromosome，XX为⼥，XY为男。染⾊体区带命名：在标⽰⼀特定的带时需要包括4项：①染⾊体号；②臂的符号；③区号；④在该区内的...