虽然生物样本库和deCODE基因特异性GWAS没有发现任何与GGE或“所有癫痫”相关的全基因组显著位点,但在2q22.1(最近的基因NXPH2)出现了一个与FE相关的显著位点(补充图24)。 对生物样本库的meta分析和deCODE genetics与原发性癫痫GWAS的汇总统计,确定了7个与“所有癫痫”表型有意义的位点。其中6个信号是先前在原发性...
森林图显示,对于“所有癫痫”GWAS的所有生物库基因型全基因组显著顶级SNP,以及除一个GGE顶级SNP之外的所有GGE顶级SNP,生物样本库和主要GWAS之间的效应方向一致(补充图22和23)。虽然生物样本库和deCODE基因特异性GWAS没有发现任何与GGE或“所有癫痫”相关的全基因组显著位点,但在2q22.1(最近的基因NXPH2)出现了一个与...
Biobank（GWAS数据库）网址: https://www.ukbiobank.ac.uk特点: 提供大规模的GWAS队列数据，为孟德尔随机研究的上下游分析提供了有力支持。应用场景: 主要用于基因组关联研究（GWAS）以及因果关系的深入探索。补充说明: 除了主数据库，还有其他相关数据库如IEU、GWAS Catalog、Finngen和eQTLGen等可供参考。TCGA网址: ...
1️⃣ 加入GWAS数据的Meta分析:对不同来源的GWAS数据进行Meta合并,这样可以更全面地覆盖相关数据,提高研究的准确性。 2️⃣ 结合MR的Meta分析:对不同数据的MR结果进行Meta合并,这样可以综合不同研究的结果,进一步增强研究的可靠性。 目前,孟德尔随机化与Meta分析的结合主要有三种方式: ➡️ GWAS-Mate:将G...
🌸Meta分析+机器学习:利用危险因素的Meta分析和公共数据库进行预测模型的构建和验证,这类发文量不少,十分受审稿人青睐!🌸Meta分析+GWAS:结合GWAS Catalog数据库,收录了超过16万个SNP(单核苷酸多态性)位点和疾病之间的关联信息,具有很高的参考价值。🌸Meta分析+孟德尔随机化:评估暴露因素与疾病结局之间的因果关系,...
选择三种癌症来源GWAS作为结局数据。采用双样本孟德尔随机化(MR)分析IBD对32例结肠外癌的因果效应。应用meta分析来评估具有多个MR结果的综合因果效应。 研究思路 该MR 分析调查了 IBD 与结肠外癌之间的因果关系。32种癌症分为呼吸系统癌、口腔咽癌、消化系统癌、血液系统恶性肿瘤、生殖器系统癌、乳腺癌、皮肤癌和其他...
你没看错,搞定GWAS meta分析只需一行代码! METAL是gwas meta分析最常用的工具之一,官网如下 https://genome.sph.umich.edu/wiki/METAL 该软件的安装非常简单,直接下载编译好的二进制文件即可,安装过程如下 wget http://csg.sph.umich.edu/abecasis/metal/download/Linux-metal.tar.gz...
MetaGenyo是一个GWAS meta分析的在线网站,通过该网站,只需上传指定格式的文件,然后鼠标点击就可以轻松实现meta分析,网址如下 http://bioinfo.genyo.es/metagenyo/ 对应的数据格式图示如下 每个文件表示的是一个SNP位点在多个study中的研究结果,每一行为一个study。其中有6列是必须的,即case和control...
为了解决这个问题,我们分析了近两年内孟德尔随机化研究的高分文章,发现加入GWAS数据的Meta分析可以有效减少数据本身带来的偏倚。具体来说,就是对不同来源的GWAS数据进行Meta合并。此外,还可以加入MR的Meta分析,对不同数据的MR结果进行Meta合并。这样可以增加文章的内容和质量,提高结果的可信性。通过这些方法,我们可以更...
表2 基于FinnGen及PubMed库IBD及其亚型与相关肿瘤因果关系评估 三.Meta分析最后,基于上述的两个孟德尔随机化分析结果对IBD及其亚型与32种癌症的因果关联进行整合。结果表明,IBD与乳腺癌呈显著正相关;CD和乳腺癌之间的具有潜在的因果关系;基于IIBDGC数据库的GWAS数据,作者发现IBD、CD和UC都与口腔癌和恶性非黑色素皮肤...