sortbam.sh部分代码内容为: samtools view-hbq20/yourpath/MeRIPseqPipe/Human_GSE52600/alignment/hisat2/SRR1035213_hisat2.bam|samtoolssort-@12-OBAM-o/yourpath/MeRIPseqPipe/Human_GSE52600/alignment/hisat2//SRR1035213_hisat2.sorted.bam - && samtools index -@ 12 /yourpath/MeRIPseqPipe/Human_...
小鬼的MeRIPseqPipe分析拆解03-数据质控 我们可以看到MeRIPseqPipe流程中主要是用的fastp与fastqc两个软件对原始数据进行了预处理。 fastqc可以对fq数据进行质量评估,使用java语言编写;fastp软件可以进行数据过滤同时进行质量评估,主要是用C++语言编写,支持多线程,处理数据速度非常快。 MeRIPseqPipe流程github上作者的这块相关...
MeRIPseqPipe:An integrated analysis pipeline for MeRIP-seq data based on Nextflow. - Delete usage.md · canceromics/MeRIPseqPipe@e0f155d
二、运行 # 查看rRNA个数 cat human_rRNA.fasta |grep '>' |wc -l 46 # 下载下来的fa有空白行,删除fa中的空白行 sed -i '/^$/d' human_rRNA.fasta 与genecode接近,各个数据库的统计会稍微有点出入。 构建Hisat2比对的索引 #激活小环境 conda activate rna mkdir rRNAindex hisat2-build -p 12 -...
MeRIPseqPipe是一个集成的自动pipline,可以为用户提供一个友好的解决方案来执行MeRIP-seq数据的深入挖掘。它集成了许多功能分析模块,范围从基本处理到下游分析。所有的过程都嵌入到带有文档支持的Nextflow中,这确保了分析的高重现性和可伸缩性。MeRIPseqPipe特别适合用一个简单的命令一次分析大量的样本。最终的输出目录是...
根据上面得到的BioProject编号去ENA:https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home数据库得到原始数据下载链接。 数据情况如下:两个数据集都是单端测序,小鼠为5个样本,人为6个样本,每个样本两个文库(IP文库与Input文库) image-20220310165036336 得到ascp下载链接: ...
rRNA去除之后就开始进行数据比对了,这一步骤作者使用了三个比对软件:Tophat2,STAR,HISAT2,BWA。 相应代码抠出来: HISAT2: image-20220326230833394.png 继续扣出来运行~ 一、下载人的参考基因组序列 去ensemble数据库: # 使用axel多线程下载数据,速度可到10M/s ...
rRNA去除之后就开始进行数据比对了,这一步骤作者使用了四个比对软件:Tophat2,STAR,HISAT2,BWA。 相应代码抠出来: BWA: 继续扣出来运行~ 构建索引...
rRNA去除之后就开始进行数据比对了,这一步骤作者使用了三个比对软件:Tophat2,STAR,HISAT2,BWA。 相应代码抠出来: Tophat2: 继续扣出来运行~ ...