高通量测序目前主要以m6A-seq/MeRIP-seq为主,它是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 MeRIP-seq将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP)技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组...
MeRIP-Seq (m6A-seq, m1A-seq, m5C-seq, m7G-seq) m6A研究背景 m1A研究背景 m5C研究背景 m7G研究背景 服务特点 实验流程 结果展示 m6A(N6-methyladenosine,6-甲基腺嘌呤)是真核生物mRNA内部序列中最常见的一种甲基化修饰,同时可以功能性的调节真核生物的转录组从而影响mRNA的剪接、出核、定位、翻译和稳定。m6...
MeRIP-seq将RNA上发生m6A修饰的区域富集后进行测序,因此发生m6A修饰的区域,IP文库所覆盖的reads数会显著高于input文库,从而形成“峰(peak)”。检测这些峰的位置即可得到RNA上发生m6A修饰的位置。 鉴定得到m6A修饰后,再对m6A修饰进行注释、分布统计、motif鉴定等分析。 (四) 差异m6A修饰区域的鉴定 差异m6A修饰(即差异p...
2、选择需要委托的服务项目,如MeRIP-seq,则点击进入高通量测序模块。 3、填写需求信息并提交,选择需要委托的测序服务类型MeRIP-seq,并填写样本等信息,直接提交成功。 关于m6A研究背景 请登陆锐博生物官网www.ribobio.com,花3分钟注册一个账户,即可在线委托MeRIP-seq整体服务啦~~~ ...
通过m6A-MeRIP-seq和对应的RNA-seq分析,研究者发现ALKBH5可能通过m6A修饰调控FOXO1表达。ALKBH5敲低导致FOXO1 mRNA的m6A修饰增加,FOXO1 mRNA稳定性提高,进而上调FOXO1蛋白表达。YTHDC1被鉴定为FOXO1 mRNA的m6A“reader”蛋白,其结合增加了FOXO1 mRNA的稳定性。
MeRIP-seq（高通量测序法）作为m6A修饰的检测方法，其具有针对全基因组范围内检测m6A的存在；能够明确每个基因的修饰水平，进行组与组之间比较等优势。接下来就让小编带大家详细了解m6A和MeRIP-seq。 1.在介绍m6A之前，首先认识一下什么是转录后调控？转录后调控(post-transcriptional control)是指在转录后水平(RNA)上...
三、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)信息分析流程 (一)原始下机数据质控 原始下机数据为FASTQ格式,是高通量测序的标准格式。FASTQ文件每四行为一个单位,包含一条测序序列(read)的信息。该单位第一行为read的ID,一般以@符号开头;第二行为测序的序列,也就是reads的序列;第三行一般是一个+号,或者与第一...
因此,研究人员对SW480、SW620和METTL3敲低的SW620细胞进行MeRIP-seq(由锐博生物提供)和RNA-seq,发现与SW480细胞相比,SW620细胞中有733个高甲基化的m6A峰,其mRNA表达水平较高,称为转移相关的超高峰;METTL3敲低的SW620细胞中有3393个低甲基化m6A峰,其mRNA表达较低,称为METTL3相关的低下峰。两组峰共同拥有192...
MERIP-seq 方法是一种 RNA 剪接的高通量测序技术。它可以在整个转录组范围内同时鉴定和定量 RNA 剪接异构体。该方法的原理是利用抗体特异性地识别,并捕获 RNA 蛋白复合物,然后通过高通量测序技术对捕获的 RNA 进行测序。 MERIP-seq 方法的优点包括高效准确地测定 RNA 剪接异构体,以及可在细胞层面或组织层面进行分析...
MERIP-seq的原理是,首先将RNA样品切成短片段,然后使用m6A特异性抗体选择性地富集m6A修饰的RNA片段。富集后的RNA片段可以通过RNA测序进行分析,以确定m6A修饰的位置和丰度。 MERIP-seq的主要优点是,它可以检测特定RNA上的m6A修饰,因此可以提供更准确的信息。此外,它可以在较短的时间内分析大量的RNA样品。然而,这种方法也...