图2. MeRIP-qPCR检测结果:Input%分析 图3. MeRIP-qPCR检测结果:Fold Enrichment分析 图4. MeRIP-qPCR检测结果:信噪比优于采用游离m6A洗脱的传统流程 图5. MeRIP-Seq结果展示:IGV可视化 图6. MeRIP-Seq结果展示:Motif分析 图7. MeRIP-Seq结果展示:m6A分布线图 图8. MeRIP-Seq结果展示:韦恩图 图9. MeRIP-Seq...
qPCR实验检测NX和LW猪肌肉中与m6A相关基因的表达水平。 代表性NX和LW猪背最长肌切片中FTO(绿色)图像;DAPI用于核染色(蓝色)。 Western blotting实验结果表明,在LW猪肌肉中FTO表达水平升高,METTL4表达水平降低。 使用ImageJ软件对m6A水平进行定量分析。 Western blotting实验结果表明,在分化后第0、2和4天,猪卫星细胞(...
另外,从结果的形式%(IP/Input)也可以看出,MeRIP-qPCR实验侧重看修饰的片段(IP样品qPCR结果)占总片段(Input样品qPCR结果)的比例,实验目的只是要得到这两者的比值就体现修饰水平,因此MeRIP-qPCR不需要内参。 例如:针对目的基因目的位点qPCR,样品A的IP结果0.2,Input结果1;样品B的IP结果0.3,Input结果1.5,得到的%(IP/In...
number;rep,重复replicate;METTL14:甲基转移酶样14;IGV:综合基因组学查看器;NC:对照组normal control;H3K27Ac:组蛋白3在赖氨酸27处乙酰化;ChIP:染色质免疫沉淀Chromatin immunoprecipitation;qPCR:定量实时聚合酶链式反应;TSS:转录起始位点;EMT:上皮-间充质转化;SD:标准偏差;SEM:平均值的标准...
设计MeRIP-qPCR引物以验证p65 mRNA上的m6A修饰。潜在的m6A位点以红色标出(上),MeRIP-qPCR引物用箭头表示。MeRIP-qPCR用引物#2和#3(较低)验证了m6A修饰。 YTHDF1-RIP测序分析结果表明,与IgG对照相比,p65 mRNA富集(左)。YTHDF1-RIP-qPCR的小鼠p65 mRNA特异性引物(右)。
为了验证THBS1是否是METTL14介导的m6A修饰的靶标,研究人员在PCa细胞中进行了MeRIP-qPCR。结果显示,METTL14敲低时,THBS1的m6A富集显著降低。此外,THBS1 mRNA和蛋白质水平在PCa METTL14敲低细胞中均增加。免疫荧光检测显示METTL14蛋白定位于细胞核,THBS1蛋白定位于细胞质,敲低MET...
实验:MeRIP-seq、mRNA-seq、甲基化组与转录组关联分析、结合公共数据库分析、实验验证(qPCR、RIP-qPCR) 摘要: N6-甲基腺苷(m6A)是真核mRNA上最丰富的修饰。越来越多的证据表明m6A在肿瘤进展中起关键作用,因此分析肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)转录组范围内的m6A修饰非常重要。本研究采集三对LUAD组织样本和癌旁...
作者首先通过ChIP-qPCR分析发现,WT和emf1突变体中TRM4B上并没有H3K27me3修饰,这表明emf1可能通过H3K4me3表观遗传修饰对其进行调控。随后作者通过ChIP-qPCR分析了WT和emf1突变体中TRM4B上H3K4me3的富集情况,结果发现,emf1突变体中TRM4B的H3K4me3修饰水平显著高于WT。这些结果表明,EMF1通过H3K4me3调节TRM4B的转录,独立...
基因特异性m6A pull down实验和qPCR分析表明:与SW480细胞相比,SW620细胞中SOX2、ZFP36L2和SEMA3A的m6A水平增加。然而,与对照组相比,在METTL3敲低CRC细胞中,SOX2表现出较一致的m6A和mRNA水平的下降。此外,在SW620和HCT116细胞中,METTL3抑制后,SOX2蛋白水平显著降低。考虑到SOX2被认为是促进肿瘤发生和参与肿瘤转移的...