图2. MeRIP-qPCR检测结果:Input%分析 图3. MeRIP-qPCR检测结果:Fold Enrichment分析 图4. MeRIP-qPCR检测结果:信噪比优于采用游离m6A洗脱的传统流程 图5. MeRIP-Seq结果展示:IGV可视化 图6. MeRIP-Seq结果展示:Motif分析 图7. MeRIP-Seq结果展示:m6A分布线图 图8. MeRIP-Seq结果展示:韦恩图 图9. MeRIP-Seq...
从结果的形式%(IP/Input)我们也可以看到,这个实验侧重看修饰的片段(IP样品qPCR结果)占总片段(Input样品qPCR结果)的比例,实验目的只是要得到这两者的比值就体现修饰水平,因此MeRIP-qPCR不涉及到普通的相对定量qPCR需要的内参: 内参是衡量不同样品间表达量时用来均一化样品的,比如默认GAPDH在你的各个样本之间表达量应当...
RIP-qPCR结果证实Hspa1a mRNA能直接与METTL3蛋白结合(图4f)。MeRIP-qPCR验证了在METTL3沉默的细胞系中Hspa1a mRNA的m6A修饰水平显著降低(图4g)。随后进行RNA稳定性实验以分析METTL3介导的m6A修饰对Hspa1a表达调控作用机制。METTL3沉默后,Hspa1a mRNA的衰减速度显著快于对照组(图4h)。这些结果表明METTL3增加了Hspa1a...
IGV可视化结果显示,Hdac1转录本在WT的mRNA中m6A修饰丰富,但在敲除Mettl3后m6A峰减少(图5H)。作者通过MeRIP-qPCR进一步证实,在E15.5 Mettl3pKO胰腺细胞中,Hdac1 mRNA上的m6A减少。此外,通过对P0胰腺进行RIP-qPCR检测,发现Mettl3蛋白能与Hdac1 mRNA相互作用(图5J)。 众所周知,mRNA转录本上的m6A修饰可能会影响mRNA的...
使用逆转录(RT)-qPCR和Western blot分析处理后的胃癌干细胞的细胞干性(stemness)。 结果: PSMA3-AS1和MIR22HG的位点特异性甲基化抑制了GCSCs的细胞凋亡并促进其细胞干性。 LncRNA甲基化增强了PSMA3-AS1和MIR22HG的稳定性,通过PSMA3-AS1–miR-411-3p–或MIR22HG–miR-24-3p–SERTAD1轴抑制GCSC的凋亡。
通过细胞学分析、转录组分析、m6A-seq分析等方法研究OsALKBH9的功能和作用机制。 利用体外去甲基化实验和m6A-IP-qPCR等技术验证OsALKBH9的去甲基化活性。 结果图形 (1)敲除OsALKBH9导致水稻雄性不育,且OsALKBH9在雄性育性中的调控依赖于其m6A去甲基化酶活性 ...
KEGG分析揭示了三个交集的差异表达基因:破骨细胞分化基因,MeRIP高表达基因和mRNA下调基因。RT-qPCR分析显示ZOL刺激或METTL14过表达后10个差异表达基因的表达水平。NFATc1的基因组位点示意图。在ZOL刺激或未刺激下,NFATc1转录本中meRIP-Seq的m6A peaks可视化。m6A peaks位于NFATc1的3‘UTR区。SRAMP网站上NFATc1潜在的...
为了验证THBS1是否是METTL14介导的m6A修饰的靶标,研究人员在PCa细胞中进行了MeRIP-qPCR。结果显示,METTL14敲低时,THBS1的m6A富集显著降低。此外,THBS1 mRNA和蛋白质水平在PCa METTL14敲低细胞中均增加。免疫荧光检测显示METTL14蛋白定位于细胞核,THBS1蛋白定位于细胞质,敲低METTL14后,PCa细胞中THBS1的表达增加。此...
基因特异性m6A pull down实验和qPCR分析表明:与SW480细胞相比,SW620细胞中SOX2、ZFP36L2和SEMA3A的m6A水平增加。然而,与对照组相比,在METTL3敲低CRC细胞中,SOX2表现出较一致的m6A和mRNA水平的下降。此外,在SW620和HCT116细胞中,METTL3抑制后,SOX2蛋白水平显著降低。考虑到SOX2被认为是促进肿瘤发生和参与肿瘤转移的...