meme-suite.org/meme/doc 2、安装步骤 $tar -zxvf meme-5.5.5 $cd meme-5.5.5 $./configure --prefix=/mnt/xxxxx/soft/meme/meme-5.5.5/ $make $sudo make install $export PATH=/mnt/lipeiting/soft/meme/meme-5.5.5/bin/:$PATH $source ~/.bashrc $meme -version #检查一下是否安装好了编辑...
首先访问meme-suite的官方网站，下载最新版本的安装包。进入下载页面，点击最新的版本进行下载。下载完成后，将下载文件解压到指定目录。解压命令为：tar -zxvf meme-5.5.5。进入解压后的目录使用命令：cd meme-5.5.5。接着，配置安装选项：./configure --prefix=/mnt/xxxxx/soft/meme/meme-5.5.5...
使用MEME,任何平台都可以 注:如果是linux或者Mac,需要自行安装好MEME suite...;如果是windows用户,直接TBtools.exe安装器安装即可 使用的示例数据输入为拟南芥的126个MYB蛋白(注意,核酸序列也可以),运行时间大体是2min,序列越多,时间则指数型增长。 与运行网页工具的操作是类似的,设置好对应的参数即可, 以上,设置moti...
使用MEME,任何平台都可以 注:如果是linux或者Mac,需要自行安装好MEME suite...;如果是windows用户,直接TBtools.exe安装器安装即可 使用的示例数据输入为拟南芥的126个MYB蛋白(注意,核酸序列也可以),运行时间大体是2min,序列越多,时间则指数型增长。 与运行网页工具的操作是类似的,设置好对应的参数即可, 以上,设置moti...
$wget http://meme-suite.org/meme-software/5.3.0/meme-5.3.0.tar.gz $tar zxvf meme-5.3.0.tar.gz $./configure --prefix=/Yuan/app/meme --with-url="http://meme-suite.org" 出现报错: $ ./configure --prefix=/Yuan/app/meme --with-url="http://meme-suite.org" ...
1 将目标蛋白序列整合到一个文本文件中，序列保持fasta格式。打开在线工具MEME（http://alternate.meme-suite.org/tools/meme）。导入文本文件，选择要查找的motif个数，输入邮箱，点击Start。2 然后会跳到如下页面，分析时长由序列多少决定。一般10条序列1分钟可以分析完，多条序列分析几十分钟甚是数小时都很正常。3...
The MEME Suite. Nucleic Acids Res. 2015; 43(W1):W39- 49. doi: 10.1093/nar/gkv416 PMID: 25953851Bailey TL, Johnson J, Grant CE, Noble WS (2015) The MEME Suite. Nucleic Acids Res. 37: 202-208.Bailey TL, Johnson J, Grant CE, Noble WS. 2015. The MEME Suite. Nucleic Acids Res...
以下内容参考 MEME Manual (http://meme-suite.org/doc/overview.html?man_type=web) 一、挖掘 Motif(Motif Discovery) 挖掘Motif 是指:MEME 基于用户所提供的序列,根据特定的算法,预测(Predict)序列中可能包含的 Motif。需要注意的是,挖掘 Motif 的算法不是将序列与数据库中已知的 Motif 比对,也不是用已知的...
http://meme-suite.org/index.html 根据分析目的和功能,将相关工具划分成了以下4大类别 1. Motif Discovery 这部分工具用于预测输入序列上的motif信息,支持DNA,RNA或者蛋白序列,对应的功能称之为de novo motif discovery,包含的工具列表如下 MEME DREME
http://meme-suite.org/index.html 根据分析目的和功能,将相关工具划分成了以下4大类别 1. Motif Discovery 这部分工具用于预测输入序列上的motif信息,支持DNA,RNA或者蛋白序列,对应的功能称之为de novo motif discovery,包含的工具列表如下 ...