MEME网址:https://meme-suite.org/meme/ » 3.1.1 网页版分析步骤如下: ① 进入官网,点击MEME模块 ② 分析模式选择(绿色框):motif discovery mode一般选择经典模式,提供一组序列。后面两种模式需要提供两组序列,旨在相对于第二组(对照)在第一组(主要)中富集的基序。the sequence alphabet指如果你的序列不是标...
1、下载最新安装包 https://meme-suite.org/meme/doc/download.html2、安装步骤 $tar -zxvf meme-5.5.5 $cd meme-5.5.5 $./configure --prefix=/mnt/xxxxx/soft/meme/meme-5.5.5/ $make $sudo make install $expor…
MEME网址:https://meme-suite.org/meme/ » 3.1.1 网页版分析步骤如下: ① 进入官网,点击MEME模块 ② 分析模式选择(绿色框):motif discovery mode一般选择经典模式,提供一组序列。后面两种模式需要提供两组序列,旨在相对于第二组(对照)在第一组(主要)中富集的基序。the sequence alphabet指如果你的序列不是标...
MEME,链接:http://meme-suite.org/ MEME Suite是集合众多预测和注释motif工具的在线网站,其中MEME算法是基于最大期望值(EM)算法来识别motif。 分析结果如下: 点击上面的more按钮,就可以得到该motif在自己提交分析基因上的序列信息:
http://meme-suite.org/index.html 根据分析目的和功能,将相关工具划分成了以下4大类别 1. Motif Discovery 这部分工具用于预测输入序列上的motif信息,支持DNA,RNA或者蛋白序列,对应的功能称之为de novo motif discovery,包含的工具列表如下 MEME DREME
,打开在线工具MEME(http%3A%2F%2Falternate.meme-suite.org%2Ftools%2Fmeme)。%20导入文本文件,选择要查找的motif个数,输入邮箱,点击Start。 MEME在线查找motif 将目标蛋白序列整合到一个文本文件中,序列保持fasta格式。打开在线工具MEME(http://alternate.meme-suite.org/tools/meme)。导入文本文件,选择要查找的...
1. 🌐 首先,打开MEME Suite网站。在图1中,我们可以看到两个主要工具:FIMO和TOMTOM。 🔍 第一步是使用FIMO。在两个输入框中,选择“Type in motifs”(手动输入基因序列),确保格式为FASTA。在第一个框中输入模板序列,在第二个框中输入需要比对的序列(可以输入多个序列)。然后点击“start search”。
1 将目标蛋白序列整合到一个文本文件中，序列保持fasta格式。打开在线工具MEME（http://alternate.meme-suite.org/tools/meme）。导入文本文件，选择要查找的motif个数，输入邮箱，点击Start。2 然后会跳到如下页面，分析时长由序列多少决定。一般10条序列1分钟可以分析完，多条序列分析几十分钟甚是数小时都很正常。3...
http://meme-suite.org/index.html 根据分析目的和功能,将相关工具划分成了以下4大类别 1. Motif Discovery 这部分工具用于预测输入序列上的motif信息,支持DNA,RNA或者蛋白序列,对应的功能称之为de novo motif discovery,包含的工具列表如下 ...
以下内容参考 MEME Manual (http://meme-suite.org/doc/overview.html?man_type=web) 一、挖掘 Motif(Motif Discovery) 挖掘Motif 是指:MEME 基于用户所提供的序列,根据特定的算法,预测(Predict)序列中可能包含的 Motif。需要注意的是,挖掘 Motif 的算法不是将序列与数据库中已知的 Motif 比对,也不是用已知的...