基因结构和motif展示利用在线工具evolview进行可视化和美化。 目前motif预测主要通过MEME在线网站进行分析(http://meme-suite.org/tools/meme)。 1、进入网站:http://meme-suite.org/tools/meme 其中motif个数一般设置15或者20(具体看别人发表文献)即可,高级参数这里只需要选择Maximum width设成50(或参考文献)即可。设...
1.Motif挖掘:从ChIP-seq等数据中发现全新motif,支持带空位的GLAM2算法 一个带有空位的GLAM2基序示例 2.富集分析:通过AME比较实验组与对照组的motif分布差异 3.序列扫描:使用FIMO在全基因组中定位特定motif 4.功能预测:通过Tomtom比对已知数据库,GOMO关联基因本体论 技术突破点 工具局限 尽管MEME Suite在motif分析中...
motif 预测使用 meme 软件进行预测,有在线和linux两种版本。 在线版网址:http://meme-suite.org/tools/meme 上传鉴定到的蛋白序列,选择anr模式,个数为10,长度6-100,提交即可。 motif鉴定的结果 seqlogo图展示motif在每个位置的保守程度,字母越高,该位置的保守性越好。同一位置的不同氨基酸会根据其频率进行缩放。 ...
1、MEME&STREME功能,用以预测Motif(de novo Motif); 2、CentriMo用以寻找输入序列中间区段内已知的Motif,适合ChIP-Seq数据检出峰所在序列上富集的已知 Motif; 3、通过工具Tomtom功能比较已知的motif进行相似性分析,并对重要的motif进行分组; 4、Spamo与CentriMo功能相似,也是对Motif进行富集; 5、FIMO功能旨在输出Moti...
背景模型及优先模型可以使用MEME Suite的psp-gen工具来生成。 DNA序列正反义及回文可能性 -revcomp 是否搜索互补链,默认不搜索,加上这个参数后就变成为搜索 -pal 是否优先回文结构,默认不搜索。 Expectation Maximization (EM)算法 Expectation Maximization (EM)初始化 ...
-meme-p就是设置多进程数,-db后的参数是meme motif数据库文件,可以去这里下载想要的数据库 https://meme-suite.org/meme/doc/download.html 1. 其他 conda 安装 安装命令: $ conda install -c bioconda meme 1. 但是可能在一个现有的conda环境中并不能安装成功,因为现有的一些包可能和meme的依赖包不兼容。
MEME在线查找motif https://jingyan.baidu.com/article/154b46318a419b69ca8f41c5.html#:~:text=将目标蛋白序列整合到一个文本文件中,序列保持fasta格式。,打开在线工具MEME(http%3A%2F%2Falternate.meme-suite.org%2Ftools%2Fmeme)。%20导入文本文件,选择要查找的motif个数,输入邮箱,点击Start。
MEME是一个motif分析的工具箱,提供了多种相关工具,网址如下 http://meme-suite.org/index.html 根据分析目的和功能,将相关工具划分成了以下4大类别 1. Motif Discovery 这部分工具用于预测输入序列上的motif信息,支持DNA,RNA或者蛋白序列,对应的功能称之为de novo motif discovery,包含的工具列表如下 ...
windows下直接跑MEME suite?对!任何人都可以。 Motif,模式,pattern,如下。我个人理解为:一组具有类似特征的序列。而在分子序列中,那么就是具有类似分子(如碱基或氨基酸)的序列。 Motif,不是一个序列,所以在生物序列分析时,无论是预测和挖掘,都并不是简单的完全匹配就能完成,他的处理,有点像正则表达式,但事实上,...
1 将目标蛋白序列整合到一个文本文件中，序列保持fasta格式。打开在线工具MEME（http://alternate.meme-suite.org/tools/meme）。导入文本文件，选择要查找的motif个数，输入邮箱，点击Start。2 然后会跳到如下页面，分析时长由序列多少决定。一般10条序列1分钟可以分析完，多条序列分析几十分钟甚是数小时都很正常。3...