1. 🌐 首先,打开MEME Suite网站。在图1中,我们可以看到两个主要工具:FIMO和TOMTOM。 🔍 第一步是使用FIMO。在两个输入框中,选择“Type in motifs”(手动输入基因序列),确保格式为FASTA。在第一个框中输入模板序列,在第二个框中输入需要比对的序列(可以输入多个序列)。然后点击“start search”。 📊 跳转...
meme-suite.org/meme/doc 2、安装步骤 $tar -zxvf meme-5.5.5 $cd meme-5.5.5 $./configure --prefix=/mnt/xxxxx/soft/meme/meme-5.5.5/ $make $sudo make install $export PATH=/mnt/lipeiting/soft/meme/meme-5.5.5/bin/:$PATH $source ~/.bashrc $meme -version #检查一下是否安装好了编辑...
使用MEME,任何平台都可以 注:如果是linux或者Mac,需要自行安装好MEME suite...;如果是windows用户,直接TBtools.exe安装器安装即可 使用的示例数据输入为拟南芥的126个MYB蛋白(注意,核酸序列也可以),运行时间大体是2min,序列越多,时间则指数型增长。 与运行网页工具的操作是类似的,设置好对应的参数即可, 以上,设置moti...
首先访问meme-suite的官方网站，下载最新版本的安装包。进入下载页面，点击最新的版本进行下载。下载完成后，将下载文件解压到指定目录。解压命令为：tar -zxvf meme-5.5.5。进入解压后的目录使用命令：cd meme-5.5.5。接着，配置安装选项：./configure --prefix=/mnt/xxxxx/soft/meme/meme-5.5.5...
windows下直接跑MEME suite?对!任何人都可以。 Motif,模式,pattern,如下。我个人理解为:一组具有类似特征的序列。而在分子序列中,那么就是具有类似分子(如碱基或氨基酸)的序列。 Motif,不是一个序列,所以在生物序列分析时,无论是预测和挖掘,都并不是简单的完全匹配就能完成,他的处理,有点像正则表达式,但事实上,...
具体问题,我不清楚是什么造成的,或许某些依赖缺少,或许是meme-suite没有正确的安装成功吧。我在网上搜索,并没有很好的解决方法,大致都是重装之类的。这里总结一些方案,供大家参考吧。 解决方案 docker镜像 首先,建议大家直接使用meme-suite 的docker 镜像吧, 与其折腾这个错误,不如早点用镜像完成现有工作才是重点😂...
具体问题,我不清楚是什么造成的,或许某些依赖缺少,或许是meme-suite没有正确的安装成功吧。我在网上搜索,并没有很好的解决方法,大致都是重装之类的。这里总结一些方案,供大家参考吧。 解决方案# docker镜像# 首先,建议大家直接使用meme-suite 的docker 镜像吧, 与其折腾这个错误,不如早点用镜像完成现有工作才是重点...
$wget http://meme-suite.org/meme-software/5.3.0/meme-5.3.0.tar.gz $tar zxvf meme-5.3.0.tar.gz $./configure --prefix=/Yuan/app/meme --with-url="http://meme-suite.org" 出现报错: $ ./configure --prefix=/Yuan/app/meme --with-url="http://meme-suite.org" ...
尽管MEME Suite在motif分析中占据主导地位,仍存在以下挑战: 1. 长序列处理效率待提升(>10kb时计算耗时显著增加) 2. 复杂调控元件的组合模式识别能力有限 3. 单细胞多组学数据适配性不足 应用场景 基因组学研究:MEME广泛应用于基因组学研究,用于识别和分析转录因子结合位点(ChIP-seq)和开放染色质区域(FAIRE-seq)等...
motif分析结果查看,基因上motif的序列信息, 工具: MEME,链接:http://meme-suite.org/ MEME Suite是集合众多预测和注释motif工具的在线网站,其中MEME算法是基于最大期望值(EM)算法来识别motif。 分析结果如下: 点击上面的more按钮,就可以得到该motif在自己提交分析基因上的序列信息:...