ChIP-seq先通过甲醛交联将细胞内的蛋白质与DNA连接,用超声波将基因组DNA打断,再用特异性抗体进行免疫沉淀,得到与目标蛋白结合的DNA片段,测序后进行motif分析;RIP-seq实验使用蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀,回收RNA片段,测序后进行motif分析。 图1 ChIP-seq实验步骤 图2 RIP-seq实验步骤 2.2 研究对象差异...
相比 AME,CentriMo 的特点是找寻固定位点处的已知 Motif,即 Motif 处在所有序列中相同的位置,要求输入的序列长度必须相等。CentriMo 默认只寻找输入序列中间区段内已知的 Motif,适合 ChIP-Seq 数据,用于快速寻找ChIP-Seq 的峰中所包含的已知 Motif。CentriMo 也可以寻找输入序列所有区段内已知的 Motif,适用于寻找启动...
backQ = 0; seq = zeros(1,len); registers = [1 zeros(1,m-2) 1]; for i = 1:len seq(i) = registers(m); backQ = mod(sum(coef.*registers),2); registers(2:length(registers)) = registers(1:length(registers)-1); registers(1) = backQ; end 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8....
ChIP-seq先通过甲醛交联将细胞内的蛋白质与DNA连接,用超声波将基因组DNA打断,再用特异性抗体进行免疫沉淀,得到与目标蛋白结合的DNA片段,测序后进行motif分析;RIP-seq实验使用蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀,回收RNA片段,测序后进行motif分析。 图1 ChIP-seq实验步骤 图2 RIP-seq实验步骤 2.2 研究对象差异...
MEME是用于从一堆序列中搜索功能结构域的工具。比如说当你拿到了许多CHIP-chip或者CHIP-seq的数据,当分析出峰所处的位置之后可以得到一些这些峰所代表的序列,这就是蛋白质与DNA相到作用所保护下来的片段。所以使用MEME搜索其中非常相似的序列片段就可能是...
meme的算法使得这个工具可以同时得到motif和motif在输入序列上的位置两种信息,在输出多个motif时,在输入序列上sites越多的motif优先输出,所以通常情况下只需要参考前3个motif就可以了,该工具更适用于motif种类较少的场景,比如分析某个转录因子的chip_seq或者m6A_seq的数据。
CentriMo 挖掘序列中 固定位点(局部)、已知、富集 的Motif。相比 AME,CentriMo 的特点是找寻固定位点处的已知 Motif,即 Motif 处在所有序列中相同的位置,要求输入的序列长度必须相等。CentriMo 默认只寻找输入序列中间区段内已知的 Motif,适合 ChIP-Seq 数据,用于快速 寻找ChIP-Seq 的峰中所包含的已知 Motif。Centri...
作为MEME套件的明星工具,MEME-CHIP在ChIP-seq、ATAC-seq等分析中广泛应用,六大功能直击研究痛点: 1. 全新motif挖掘:通过MEME和STREME算法,在序列中心区域(默认100bp)锁定潜在motif。 2. 富集区域定位:CentriMo快速筛选显著富集的motif。 3. 数据库比对:Tomtom将新motif与JASPAR等数据库匹配,揭示潜在功能。
关于工具的选择,MEMESuite适合初步筛查,如果要深入分析染色质开放区域的模体,建议结合ATAC-seq数据。对于单细胞数据,需要先用聚类方法分组后再做模体分析。现在有在线平台比如Galaxy提供可视化分析流程,适合不熟悉命令行的研究者使用。 数据预处理阶段容易出错的地方包括格式转换和坐标转换。建议写脚本自动化处理,用samtools...
两个peak set的motif差异富集 网页版更好用:https://meme-suite.org/meme/tools/centrimo 命令行需要准备文件,比较复杂。 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 wget https://jaspar.elixir.no/download/data/2024/CORE/JASPAR2024_CORE_vertebrates_non-redundant_pfms_meme.txt ...