运行测试命令如下 nosetests mdtraj -v 例子 这段文字提供一系列的例子,资源和代码来帮助使用mdtraj 如果是通过编译安装的mdtraj可以进入path-to-mdtraj/examples查看,如果是一键安装,可以通过Github进行查看,其为Ipython notebook格式。 1. MDTraj介绍 首先从硬盘中加载轨迹,MDTraj会自动的使用最合适的方式加载不同的文件...
编译mdtraj可能需要一些特定的依赖,例如NumPy、Cython、SciPy等。你可以使用pip来安装这些依赖。 bash pip install numpy cython scipy 此外,如果mdtraj有特定的编译依赖(如特定的编译器或库),请确保这些依赖也已安装。 使用适当的命令或工具进行编译,生成whl包: 进入mdtraj的源代码目录,并使用setup.py脚本来编译whl包...
这个例子,我们将在MDTraj上进行基础的原子和残基的选择,首先让我们加载一个例子轨迹. from__future__importprint_functionimportmdtrajasmd traj=md.load('ala2.h5')print(traj)<mdtraj.Trajectorywith100frames,22atoms,3residues,without unitcells> 我们可以使用traj.n_atoms和traj.n_residues来直接的测出多少原子或...
在plucky 发行版中 arm64 硬件架构下的 python3-mdtraj 软件包文件清单 /usr/bin/mdconvert-mdtraj /usr/bin/mdinspect /usr/lib/python3/dist-packages/mdtraj-1.10.1.egg-info/PKG-INFO /usr/lib/python3/dist-packages/mdtraj-1.10.1.egg-info/dependency_links.txt /usr/lib/python3/dist-packages/mdtra...
# 需要导入模块: import mdtraj [as 别名]# 或者: from mdtraj importload[as 别名]defvisualize_complex(complex_mdtraj):ligand_atoms = [a.indexforaincomplex_mdtraj.topology.atomsif"LIG"instr(a.residue)] binding_pocket_atoms = md.compute_neighbors(complex_mdtraj,0.5, ligand_atoms)[0] ...
master .github devtools docs examples mdtraj tests .checkignore .coveragerc .git-blame-ignore-revs .gitattributes .gitignore .pre-commit-config.yaml .readthedocs.yml LICENSE MANIFEST.in README.md basesetup.py pyproject.toml pytest.ini setup.cfg setup.pyBreadcrumbs mdtraj / setup.cfg Latest...
开发者ID:marscher,项目名称:mdtraj,代码行数:31,代码来源:test_mdconvert.py 示例3: calc_obs ▲点赞 4▼ defcalc_obs(traj):arg_cz_id =2442glu_cd_id =862lys_nz_id =634tyr_oh_id =2019inactive = mdt.load("./topologies/inactive.pdb") ...
Actions Security Insights More master mdtraj/pyproject.toml Go to file Copy path 12 lines (12 sloc)338 Bytes RawBlame [build-system] requires= [ "setuptools", "wheel", "numpy==1.11.3; python_version=='3.6'", "numpy==1.14.6; python_version=='3.7'", ...
mdtraj: MDTraj 1.7 We're please to announce the release of MDTraj 1.7. In addition to the usual fixes and improvements, MDTraj has gained the ability to image molecules in tr... RT Mcgibbon,K Beauchamp,M Harrigan,... 被引量: 0发表: 2016年 Analysis Libraries for Molecular Trajectories: ...
之前还是能正常转化的，但是在我从新安装了新版本的anaconda和插件后报错，老版本的mdtraj也试过还是错，...