MDTraj是分子动力学模拟的一个python包,相对于MDAnalysis个人觉得操作性更强,更加Python范一些。其能够进行不同模拟软件的轨迹转换,常规计算,分析等等一体化。今天我们介绍其安装方法和简单使用。 官方地址:点击进入 安装方法 推荐使用conda安装mdtraj. $ conda install -c conda-forge mdtraj 同样也可以使用pip来安装mdtr...
pip install numpy cython scipy 此外,如果mdtraj有特定的编译依赖(如特定的编译器或库),请确保这些依赖也已安装。 使用适当的命令或工具进行编译,生成whl包: 进入mdtraj的源代码目录,并使用setup.py脚本来编译whl包。 bash python setup.py bdist_wheel 这条命令会编译mdtraj并生成一个.whl文件,该文件通常位于...
(#1223) Install path for zlib on linux too (#1208) Fix transform calculation and Transform object to be more general (#1254) Add O1 as alternative definition for water oxygen (#1257) Fix precentering overflow error in center.c (#1283) Add chi5 angle computation (#1291) Fix the build ...
Looks to me like this PR will fix it. (Tested by usingpython -m pip install -e .on the local install instead of the pip+git install.) I think this was left out of#1911. (Caught this in CI forContact Map Explorer, which tests against MDTraj dev.Hereis a test failing against dev ...