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MCScanX: Multiple Collinearity Scan toolkit X version. Various downstream displaying and analysis tools for synteny detected using modified MCScan approach. - MCScanx/mcscan_h.cc at master · adf-ncgr/MCScanx
从下面链接中下载:https://github.com/wyp1125/MCScanX unzip MCscanX.zip cd MCScanX make ===使用介绍=== MCScanX、MCScanX_h、duplicate_gene_classifier这三个是核心程序,downstream_analyses中包含12个下游分析程序,可以画图构树,还是很方便很强大的。 1. 准备文件xyz.gff MCscanX要求的gff文件和标准的gff文件不...
collinearity:两个不同物种中的一组基因位点,它们分别位于各自的同一条染色体上,并且顺序也是一致的。 MCScanX 网址:https://github.com/wyp1125/MCScanX MCScanX的安装请参考网上的教程 数据准备 首先去下载物种的基因组、蛋白、注释文件,推荐去ensembl上面下载 提取最长转录本(以ensembl上的拟南芥数据为例) 去除gff3...
1.下载 https://github.com/wyp1125/MCScanX 2.安装 unzip MCscanX.zip cd MCScanX make 3.报错大合集及解决方法 3.1 javac没有 下个java吧球球了,哪有人服务器没java的! 下载地址:官网下个deb,安装就好了。 3.2 upzip命令没有 sudo apt install zip ...
最近进行共线性分析,之前本科学校软件都是安装好的,研究生需要自己安装了,没想到弄了好久,哈哈哈哈哈,还好最后解决了,记录一下 ###MCScanX安装### wget -c github.com/wyp1125/MCSc unzip MCScanX.zip make g++ struct.cc mcscan.cc read_data.cc out_utils.cc dagchainer.cc msa.cc permutation.cc -o ...
网址:https://github.com/wyp1125/MCScanx 一、安装 mscanx 代码语言:javascript 复制 git clone https://github.com/wyp1125/MCScanX.git cd MCScanx make 准备输入文件 代码语言:javascript 复制 #下载参考序列与gff文件 #https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Klebsiella%20pneumoniae ...
wget https://codeload.github.com/wyp1125/MCScanX/zip/refs/heads/master unzip master cd MCScanX-master # master解压出来文件名是MCScanX-master 安装: 由于现在大都是64位系统,所以需要给以下三个文件msa.h,dissect_multiple_alignment.h,and detect_collinear_tandem_arrays.h添加库文件:#include <unistd.h>...
Usage: $ ./detect_syntenic_tandem_arrays -g gff_file -b blast_file -s synteny_file -o output_file Output The path of output_file should be specified by the user. If any gene of a syntenic pair is located in a tandem array, the syntenic pair will be written into the output_file....
参考:https://github.com/wyp1125/MCScanX/issues/13 3 测试: ./MCScanX -h 二、共线性分析 1 获取基因核酸蛋白序列 prokka注释获取基因核酸蛋白序列 prokka Clostridium_beijerinckii.fna \ --outdir Clostridium_beijerinckii_prokka \ --prefix Clostridium_beijerinckii \ ...