java circle_plotter -g /home/bqxiao/program/MCScanX/data/os_sb.gff \ -s /home/bqxiao/program/MCScanX/data/os_sb.collinearity \ -c /home/bqxiao/program/MCScanX/downstream_analyses/circle.ctl -o circos.png 配置文件 800 //plot width and height (in pixels) sb1,sb2,os1,os2,os3 //chro...
g++struct.cc mcscan.cc read_data.cc out_utils.cc dagchainer.cc msa.cc permutation.cc-oMCScanXmsa.cc:Infunction ‘voidmsa_main(constchar*)’:msa.cc:289:22:error:‘chdir’ was not declaredinthisscopeif(chdir(html_fn)<0)^makefile:2:recipefortarget'mcscanx'failed make:***[mcscanx]Error1 ...
一共分为四列,分别是第一列是物种名和染色体编号,第二列是基因号,第三列是起始位置,第四列是终止位置。 网址:https://github.com/wyp1125/MCScanx 一、安装 mscanx 代码语言:javascript 复制 git clone https://github.com/wyp1125/MCScanX.git cd MCScanx make 准备输入文件 代码语言:javascript 复制 #下载...
2. MCScanx分析 基因gff对应的列分别是: 染色体编号 基因ID 基因起始 基因终止 #* 两个基因组的gff文件 awk '$3=="gene"{print $0}' /data/cotton/TMP/LiJianYing_ONTs/HC04_Final_V1/HC04/HC04.final.gene.gff3 \ |cut -f1,4,5,9|sed 's/ID=//g'|awk '{print $1"\t"$4"\t"$2"\...
MCScanX的结果包括基因家族的演化历史、基因重排和重复事件等信息。解读MCScanX的结果需要从多个角度进行分析: 1. 基因家族的分类和演化历史,MCScanX能够识别同源基因并将它们归类到不同的基因家族中,通过分析这些基因家族的演化历史,可以了解基因家族的起源、扩张和保守性等特征,从而推断基因家族在物种进化过程中的功能和...
McscanX是进行基因水平共线性分析的较为常用的软件,使用此软件可以得到共线性区块(block),利用得到的文件可以进行共线性作图。 一.输入文件 1.Blast文件。BLAST为你要分析物种基因的蛋白质文件或者CDS文件与参考物种的蛋白质或者CDS文件的BLAST比对结果文件,格式一般为采用BLAST的m8或者BLAST+的-outfmt6格式。此处以BLAST...
MCScanX工具集对MCScan算法进行了调整,用于检测共线性和同线性区域,还增加了可视化和下游分析。。MCscanX有三个核心工具,以及12个下游分析工具。 软件安装 进入官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm,下载安装 1unzip MCscanX.zip2cd MCScanX3make
mcscan.cc read_data.cc out_utils.cc dagchainer.cc msa.cc permutation.cc -o MCScanX msa.cc: In function ‘void msa_main(const char*)’: msa.cc:289:9: error: ‘chdir’ was not declared in this scope 289 | if (chdir(html_fn)<0) | ^~~~ make: *** [makefile:2: mcscanx] Error...
MCScanX采用改进了的MCScan算法,分析基因组内或者基因组间的共线性区块。它利用两个物种蛋白质blastp比对结果,再结合这些蛋白质基因在基因组中的位置,得到两个物种基因组的共线性区块。如果是分析基因组内的共线性区块,物种内蛋白质自己比对自己就好了。 一、MCScanX安装 ...