MCPcounter (Microenvironment Cell Populations-counter) 由Becht团队于2016年开发,截止至发帖日,已有超过1800+次引用。MCPcounter 可以根据基因表达矩阵量化组织中8个免疫细胞和2个基质细胞的丰度,包括T细胞、CD8+ T细胞、细胞毒性淋巴细胞、NK细胞、B淋巴细胞、单核细胞、髓系树突状细胞、中性粒细胞以及内皮细胞和成纤...
因为MCPcounter计算的是细胞的绝对丰度,不可在单个样本内部来看不同细胞类群的高低,应该看某个细胞类群在不同样本(分组)之间的差异,所以这里可采用在不同样本间对某个细胞类群绝对丰度进行0-1标准化,进行标准化的时候注意分别是按行还是按列标准化的。 #自定义了0-1标准化函数 normalize <- function(x) { retur...
mcp-counter算法介绍 MCP-Counter算法是一种用于计算海量数据流(stream)中出现频率前k个元素的算法。该算法采用了空间和时间的折衷,可以在非常小的空间内,快速而准确地计算出流数据中出现频率前k个元素。MCP-Counter采用了Min-Count算法的改进,具体的实现过程是统计流数据中每个元素出现的次数,然后按照这个次数做桶...
学习一个R包——免疫浸润MCP-counter
NMF聚类识别肿瘤分子亚型文章套路新课程发布(MCPcounter免疫细胞浸润)医学会员免费学0 0 2023-01-12 09:26:01 未经作者授权,禁止转载 您当前的浏览器不支持 HTML5 播放器 请更换浏览器再试试哦~点赞 投币 收藏 分享 交流学习联系v:vippk688 医学 生活 日常 医生临床 学医的 ...
install.packages(c("devtools","curl")) ##Installs devtools and the MCPcounter dependancy 'curl' library(devtools) install_github("ebecht/MCPcounter",ref="master", subdir="Source") Examples on how to run the algorithm on your data are shown in the documentation?MCPcounter.estimate ...
生信自学网-课程试学-TCGA数据库癌症相关成纤维细胞CAF生信套路(EPIC/MCPcounter/xCell) 客服微信:18520221056 微信公众号:biowolf_cn知识 校园学习 EPIC 成纤维细胞 TCGA数据库 MCPcounter CAF生信 评论0 最热 最新 请先登录后发表评论 (・ω・) 发布...
MCPCounterBecht, E., Giraldo, N. A., Lacroix, L., Buttard, B., Elarouci, N., Petitprez, F., … de Reyniès, A. (2016). Estimating the population abundance of tissue-infiltrating immune and stromal cell populations using gene expression. Genome Biology, 17(1), 218.https://doi.or...
可以看到需要4个参数,MCPcounterExampleData是转录组数据,featuresType是确认转录组数据基因名的类型,可'affy133P2_probesets','HUGO_symbols'和'ENTREZ_ID',实际使用中probesets和genes可以不加。 我们来试一下TCGA的数据 library(MCPcounter) estimate <- MCPcounter.estimate(exprSet, featurestype=c('affy133P2_...
需要研究一下MCPcount是需要read counts还是可以用normalization的值 但是Xcell写的很明确,read counts或者normalization的值都可以,因为它只做ranking MCPcounter方法学原文中使用TCGA数据库验证时,使用了normalized results。所以解释了我的疑问。 查考文章:Estimating the population abundance of tissue-infiltrating immune ...