1.MCPcounter包介绍 Estimate包只能对肿瘤的基质成分和免疫成分进行评估,不能对免疫细胞类群进行更为详细的分类。MCPcounter可以利用转录组数据量化8个免疫细胞和2个基质细胞的绝对丰度:T cells、CD8 T cells、Cytotoxic lymphocytes、B lineage、NK cells、Monocytic lineage、Myeloid dendritic cells、Neutrophils、Endothelia...
学习一个R包——免疫浸润MCP-counter
MCP-counter(Microenvironment Cell Populations-counter)包由Becht团队于2016年开发,原文题目为:Estimating the population abundance of tissue-infiltrating immune and stromal cell populations using gene expression 这是个很常用的包,在我们公众号中多次提到,目前已经被引用200+次。 本包可以利用转录组数据量化异质组织...
library(devtools) install_github("ebecht/MCPcounter",ref="master", subdir="Source",force = T) library(MCPcounter) 下载起来毫无问题所以导致后面的报错让我一脸懵逼 运行示例文件 MCPcounter.estimate <- MCPcounter.estimate( MCPcounterExampleData, featuresType=c('affy133P2_probesets','HUGO_symbols'...
学习一个R包——免疫浸润xCell MCP-counter(Microenvironment Cell Populations-counter)包由Becht团队于2016年开发,原文题目为:Estimating the population abundance of tissue-infiltrating immune and stromal cell populations using gene expression 这是个很常用的包,在我们公众号中多次提到,目前已经被引用200+次。