然后点击analyze current network。 右边MCODE Result窗口出现模块结果,出现了13个模块,基本是按score值排序,点击我们感兴趣的模块,然后点击create cluster network,就能够把这个模块显示出来然后予以保存。 感兴趣的模块内基因我们也可以进一步左GO,Pathway分析。 今天就到这,如果大家有感兴趣的插件及学习心得可以联系我们。
一、MCODE插件 关于网络构建,PPI+MCODE两者结合似乎已经成了标配。那么如何掌握它也就成了入门生信的必修课题! 定义:MCODE(Molecular Complex Detection)插件是在庞大的网络中根据边和节点的关系,寻找出关键的子网络和基因,方便进行下游分析。(我理解的话,其实这方法和Cytohubba很相似,不过Cytohubba会提供多种算法进行选...
运行MCODE插件筛选hubgene Apps一栏选择MCODE插件,如未下载可在Apps一栏中的App Manager中搜索MCODE下载 点击Analyze Current Network 这样我们就得到了诸个子网络 点击from selected nodes,all edges 就可以得到关注的子网络 我们可以将 将分数最高的网络里面全部基因当作hub gene 点击export table to files导出hub gene...
MCODE是一种聚类算法,把现有的蛋白或基因再分类;Centiscape是计算现有网络各个node的degree和stress等属性的工具。可以把两种工具结合起来使用,找hub基因。 1、Cytoscape软件的下载安装 下载好自己要的版本(我下的是3.8.2版),一步步按它的索引安装就好了,没有java它也会自己给你安装,千万不要自己自定义安装目录,不然...
下载TSV文件,我下载的是 as short tabular text output 二、TSV文件导入cytoscape 点击如下图标 选择先前下载的TSV文件 后点击 OK 导入,我们这里得到了176个节点和566个互作关系对 三、运行MCODE插件筛选hubgene Apps一栏选择MCODE插件,如未下载可在Apps一栏中的App Manager中搜索MCODE下载 点击Analyze Current Networ...
1487 1 08:20 App 3.Cytoscape插件-iregulon 3722 1 09:53 App 5.Cytoscape插件-CytoNCA按链接度 1182 0 09:50 App 4.Cytoscape插件-BinGo 196 0 33:15 App 第17章 Logistic回归 4172 1 02:59 App 按键精灵免注册使用破解版大漠插件 5169 0 06:51 App 【AE教程】图像转3D,一键搞定! 564 0 05:40 ...
选择MCODE分数最高的子网络,该子网络中的节点即为筛选出的核心基因。以下是一个简单的示例,展示了如何在Cytoscape中使用MCODE插件: markdown ### 在Cytoscape中使用MCODE插件筛选核心基因的示例 1. **打开Cytoscape并加载数据**: - 启动Cytoscape软件。 - 使用`File` -> `Import` -> `Network`菜单...
接下来使用cytohubba及MCODE插件对其进行模块筛选。这两个插件可以在界面左上角Apps中进行安装,JOJO在进行插件安装过程中碰到了网络问题,更新显示无法连接到APP store,这时可以选择去官网将插件下载下来再安装进cytoscape,但是JOJO秉着能偷懒绝不努力的原则手机开个热点电脑连接搞定╮(╯▽╰)╭...
百度试题 题目MCODE插件的主要用途( ) A. 寻找识别显著的model模块 B. 寻找差异表达基因 C. 进行功能富集 D. 对数据进行分析 相关知识点: 试题来源: 解析 A.寻找识别显著的model模块 反馈 收藏
MCODE插件的主要用途( ) A. 寻找识别显著的model模块 B. 寻找差异表达基因 C. 进行功能富集 D. 对数据进行分析 如何将EXCEL生成题库手机刷题 如何制作自己的在线小题库 > 手机使用 分享 反馈 收藏 举报 参考答案: A 复制 纠错举一反三 弹条V型扣件系统轨距挡板分2号～8号七种规格,标准轨距时,采用(...