一、MCODE插件 关于网络构建,PPI+MCODE两者结合似乎已经成了标配。那么如何掌握它也就成了入门生信的必修课题! 定义:MCODE(Molecular Complex Detection)插件是在庞大的网络中根据边和节点的关系,寻找出关键的子网络和基因,方便进行下游分析。(我理解的话,其实这方法和Cytohubba很相似,不过Cytohubba会提供多种算法进行选...
最后根据参数要求作一些后续处理,得出最终的功能模块。 举个🌰~~MCODE的运用 Cytoscape最方便的地方在于它有很多的插件,这些插件可以通过官网上下载(App),导入cytoscape,也可以直接在cytoscape上下载(App manager) 那怎么运用MCODE了,我们先在cytoscape安装好MCODE,打开一个基因网络。 一般选择in whole network,我们也可...
TSV文件导入cytoscape 点击如下图标 选择先前下载的TSV文件 后点击 OK 导入,我们这里得到了176个节点和566个互作关系对 运行MCODE插件筛选hubgene Apps一栏选择MCODE插件,如未下载可在Apps一栏中的App Manager中搜索MCODE下载 点击Analyze Current Network 这样我们就得到了诸个子网络 ...
下载TSV文件,我下载的是 as short tabular text output 二、TSV文件导入cytoscape 点击如下图标 选择先前下载的TSV文件 后点击 OK 导入,我们这里得到了176个节点和566个互作关系对 三、运行MCODE插件筛选hubgene Apps一栏选择MCODE插件,如未下载可在Apps一栏中的App Manager中搜索MCODE下载 点击Analyze Current Networ...
百度试题 题目MCODE插件的主要用途( ) A. 寻找识别显著的model模块 B. 寻找差异表达基因 C. 进行功能富集 D. 对数据进行分析 相关知识点: 试题来源: 解析 A.寻找识别显著的model模块 反馈 收藏
mcode插件的原理是通过对代码进行格式化和解析,然后生成相应的HTML代码来实现代码的展示。 mcode插件的工作原理可以分为以下几个步骤: 1. 代码解析:mcode插件首先会对输入的代码进行解析,识别出代码中的关键字、注释、变量等部分,并根据不同的语言规则进行分类和标记。 2. 代码格式化:解析完成后,mcode插件会对代码...
MCODE是一种聚类算法,把现有的蛋白或基因再分类;Centiscape是计算现有网络各个node的degree和stress等属性的工具。可以把两种工具结合起来使用,找hub基因。 1、Cytoscape软件的下载安装 下载好自己要的版本(我下的是3.8.2版),一步步按它的索引安装就好了,没有java它也会自己给你安装,千万不要自己自定义安装目录,不然...
刘岁荣创建的收藏夹网络药理学学习内容:2.Cytoscape插件-MCODE使用教程,如果您对当前收藏夹内容感兴趣点击“收藏”可转入个人收藏夹方便浏览
接下来使用cytohubba及MCODE插件对其进行模块筛选。这两个插件可以在界面左上角Apps中进行安装,JOJO在进行插件安装过程中碰到了网络问题,更新显示无法连接到APP store,这时可以选择去官网将插件下载下来再安装进cytoscape,但是JOJO秉着能偷懒绝不努力的原则手机开个热点电脑连接搞定╮(╯▽╰)╭...
MCODE, M olecular CO mplex D etection 发现PPI网络中紧密联系的regeions，这些区域可能代表分子复合体。 根据给定的参数，分离dense regions，这相对其他cluster方法有其优点，因为其他的方法很少考虑网络的其余部分。总之MCODE可以发现PPI网络中相互作用的Dense region。这主要基于connection data，...