大概意思是-max_target_seqs和-num_alignments是功能是一样的,只是针对不同的输出格式。当-outfmt小于等于4时使用-num_alignments,当-outfmt大于4时,使用-max_target_seqs。 感觉不太对,如果是这样的话NCBI根本就没有原因设置两个参数来完成这个目的。 2.3 测试 在当前目录下新建两个文件夹 -max_target_seqs、nu...
而且以不同的方式对数据库进行排序,也会导致在将max_target_seqs参数设置为1时,BLAST返回不同的“top hit”。原文如下: To enable the efficient processing of large data sets, researchers frequently rely on shortcuts aimed at reducing the number of BLAST results that need to be processed. A common s...
2.3 分析 直观结论是,因为加入-max_hsps 1这个参数,结果被过滤掉了10行。那么过滤掉的是哪些行呢? normal.txt第88、89、90行: ST-E00126:289:H3727ALXX:5:1213:10835:156542813594955411.62e-15ST-E00126:289:H3727ALXX:5:1213:10835:15654281762036616885.87e-10ST-E00126:289:H3727ALXX:5:1213:10835:...
4.2.720 max_target_seqs: Maximum number of aligned sequences to keep from the BLAST database. 4.2.21 negative_gilist: File containing a list of GIs to exclude from the BLAST database. B L 4.2.22 num_alignments: Number of alignments to show in the BLAST output. A S T 4.2.23 num...
BLASTN参数研究记之max_hsps 最近频繁使用到BLASTN,BLASTN有很多参数。有一些显而易见的参数,例如: -query -out -outfmt -db 也有一些参数不那么常用,今...