在CCS过程中,软件是不会去除MAS-seq数据中的接头序列的。为了将接头去除,获取实际DNA分子的碱基序列,可以使用软件Skera。拆分后的数据通常称为Segmented reads. 图2. Skera对MAS-seq数据拆分 5. 演示 官方提供了一组MAS-seq文库结构的HiFi数据,我们可以拿过来学习,了解具体的输入和输出数据格式,以及Skera软件的用...
多重阵列测序(MAS-Seq), 是PacBio联合10x Genomics推出的试剂盒,利用10x Genomics单细胞基因表达技术的工具包解决方案,实现低成本的长片段读取单细胞RNA测序。 该技术最初来源于2021年的一篇文献(High-throughput RNA isoform sequencing using programmable cDNA concatenation | bioRxiv),后经PacBio参考引入升级,以新...
PacBio MAS-Seq的主要特点：1. 支持由 10x Chromium Next GEM Single Cell 3' 试剂盒 (v3.1) 生成的 cDNA；2. cDNA 起始量为 15-75 ng；3. 相较于传统常规单细胞Iso-Seq文库，MAS-Seq将通量扩展了16倍；4. 突破传统基因水平研究，得到更多全长转录本信息；5. 在单细胞水平上，实现多样化全长转录本...
MAS-Seq测序技术通过将多个较短的片段串联起来,作为一个长的HiFi read在测序仪上进行读取,能将有效数据产量扩大16倍。而如果将MAS-Seq测序技术扩展到Bulk RNA测序和16S rRNA等关键应用,也将在转录组测序、16S测序等方面为客户提供更加具有成本效益的成套解决方案,大家敬请期待!
PacBio即日宣布启动一项计划,旨在将多重阵列测序(MAS-Seq)扩展到Sequel II/IIe和Revio™测序系统的新检测项目上。 PacBio(纳斯达克股票代码:PACB),一家领先的高质量、高精度测序解决方案开发商,即日宣布启动一项计划,旨在将多重阵列测序(MAS-Seq)扩展到Sequel II/IIe和Revio™测序系统的新检测项目上。这项计划...
The MAS-Seq technology concatenates multiple shorter fragments which are then read on the system as one long HiFi read.This extends the effective throughput by up to 16-fold, where the throughput increase factor is determined by the size of the short fragment. We believe that exten...
PacBio MAS-Seq的主要特点:1. 支持由 10x Chromium Next GEM Single Cell 3' 试剂盒 (v3.1) 生成的 cDNA;2. cDNA 起始量为 15-75 ng;3. 相较于传统常规单细胞Iso-Seq文库,MAS-Seq将通量扩展了16倍;4. 突破传统基因水平研究,得到更多全长转录本信息;5. 在单细胞水平上,实现多样化全长转录本的表征;...
MAS-seq - Data Segmentation and Alignment This workspace is an example of how to segment and align MAS-ISO-seq data.The data in this workspace are the same Spike-in RNA Variant Control Mix (SIRVs set 4, Lexogen) samples that we used as controls in the paper....
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MAS-ISO-seq 是一种程序化串联cDNA并进行长读段测序的单分子技术,与Sequel IIe 测序仪相比可以将通量提高15倍以上。使用已知的同源异构体文库用 MAS-ISO-seq 验证了其准确性,并将这种方法应用于肿瘤浸润 T 细胞的单细胞 RNA 测序。结果表明,可以准确发现差异剪接基因和典型的 PTPRC 剪接模式相关 hnRNPLL 剪接因子...