Martini3是经典粗粒化分子动力学力场Martini2的升级版，旨在提供更准确、稳定的模型化解决方案。以下是关于Martini3的详细介绍：1. 粒子映射与化学类型 Martini3在构建CG模型时，首要步骤是映射粒子化学类型、大小与标记。 推荐避免将官能团分割至多个粒子，同时保持分子体积、形状与对称性。 线性片段与环片段...
Martini-3是经典粗粒化分子动力学力场Martini-2的最新升级版,如果对Martini力场不了解,需要先看之前版本相关的文章,比如最早的Marrink S. J., et al. J. Phys. Chem. B, 2007, 111, 7812-7824。本文主要翻译自最新发表的Martini-3力场文章的支撑文件,同时也是Martini3力场的使用手册。原文为Souza, P.C.T....
在之前的Martini版本中,矩阵中的所有没有经过实验数据验证的点都是基于预期的εij趋势来选择的。经过验证的点的比例大约是20%。在Martini-3中,尽管考虑到了更多的实验验证,仍然有很多点没有任何直接的参考。对于这种情况,Martini-3中的作用等级是基于混溶性选择的,以此保证基于粒子疏水性的相分离趋势得以保持。 参考...
Martini-3是经典粗粒化分子动力学力场Martini-2的最新升级版，旨在提供更准确、稳定的模型化解决方案。通过深入解析Martini-3的支撑文件，本文提供详细指南，旨在帮助科研人员构建及参数化CG模型。Martini-3的关键在于平衡相互作用密度，确保模型具有可靠的配分和混溶性，同时遵循自相互作用和溶剂化自由能的变...
一开始用的是martini2,但是体系结冰的问题比较严重,所以能用3还是用3吧 1. 粗粒化 系统:ubuntu 工具:martinize2,Gromacs2023.3,dssp 1.1 准备工具 1.1.1 安装martinize2 pip install vermouth 1.1.2 安装Gromacs (略,可以看https://zhuanlan.zhihu.com/p/496537091) 1.1.3 下载旧版本的dssp 自行准备旧版本的...
Martini-3的参数化不仅考虑了LJ势的局限，还侧重于那些可以定量的特性，如配分和混溶性，这些是通过粒子间相互作用参数化的主要目标。模型的模块化设计允许通用粒子代表不同的化学基团，但需平衡多个因素，如原子到粒子映射、成键参数等。在B1部分，粒子大小和质量是关键，Martini-3使用R、S和T粒子来...
The coarse-grained Martini force field is widely used in biomolecular simulations. Here we present the refined model, Martini 3 ( http://cgmartini.nl ), with an improved interaction balance, new bead types and expanded ability to include specific interac
Martini 3 small-molecule database database molecular-dynamics coarse-graining martini3 small-molecules Updated Aug 21, 2024 Shell MikkelDA / COBY Star 20 Code Issues Pull requests Discussions COBY (Coarse Grained System Builder) can be used to create coarse-grained systems in Martini 3 coa...
Multidomain proteins with flexible linkers and disordered regions play important roles in many cellular processes, but characterizing their conformational ensembles is difficult. We have previously shown that the coarse-grained model, Martini 3, produces
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