Martini-3是经典粗粒化分子动力学力场Martini-2的最新升级版,如果对Martini力场不了解,需要先看之前版本相关的文章,比如最早的Marrink S. J., et al. J. Phys. Chem. B, 2007, 111, 7812-7824。本文主要翻译自最新发表的Martini-3力场文章的支撑文件,同时也是Martini3力场的使用手册。原文为Souza, P.C.T....
Martini-3是经典粗粒化分子动力学力场Martini-2的最新升级版,如果对Martini力场不了解,需要先看之前版本相关的文章,比如最早的Marrink S. J., et al. J. Phys. Chem. B, 2007, 111, 7812-7824。本文主要翻译自最新发表的Martini-3力场文章的支撑文件,同时也是Martini3力场的使用手册。原文为Souza, P.C.T....
Martini 3 small-molecule database database molecular-dynamics coarse-graining martini3 small-molecules Updated Aug 21, 2024 Shell MikkelDA / COBY Star 20 Code Issues Pull requests Discussions COBY (Coarse Grained System Builder) can be used to create coarse-grained systems in Martini 3 coa...
Martini-3是经典粗粒化分子动力学力场Martini-2的最新升级版，旨在提供更准确、稳定的模型化解决方案。通过深入解析Martini-3的支撑文件，本文提供详细指南，旨在帮助科研人员构建及参数化CG模型。Martini-3的关键在于平衡相互作用密度，确保模型具有可靠的配分和混溶性，同时遵循自相互作用和溶剂化自由能的变...
在有机模块中，Martini-3通过多精度模型建立和优化，确保平衡粒子间相互作用，并通过实验校准进一步细化。整个过程注重保持自相互作用和疏水性的合理趋势，以反映真实有机分子的行为。尽管Martini-3的参数化增加了实验验证，但仍有一些未经过直接验证的点，这时依赖于混溶性来保持相分离趋势。参考文献提供了...
一开始用的是martini2,但是体系结冰的问题比较严重,所以能用3还是用3吧 1. 粗粒化 系统:ubuntu 工具:martinize2,Gromacs2023.3,dssp 1.1 准备工具 1.1.1 安装martinize2 pip install vermouth 1.1.2 安装Gromacs (略,可以看https://zhuanlan.zhihu.com/p/496537091) 1.1.3 下载旧版本的dssp 自行准备旧版本的...
一开始用的是martini2,但是体系结冰的问题比较严重,所以能用3还是用3吧 1.粗粒化 系统:ubuntu 工具:martinize2,Gromacs2023.3,dssp 1.1准备工具 1.1.1安装martinize2 pipinstallvermouth 1.1.2安装Gromacs (略,可以看https://zhuanlan.zhihu.com/p/496537091) ...
The coarse-grained Martini force field is widely used in biomolecular simulations. Here we present the refined model, Martini 3 ( http://cgmartini.nl ), with an improved interaction balance, new bead types and expanded ability to include specific interac
做法: 1. 冰酒杯同上 2. 在Shaker中倒入大块冰、威末、伏特加,用力摇,保证完全摇匀,杯子的表面会上霜,等你手拿着觉得太冷了拿不住,就差不多了 3. 倒入冰过的酒杯,放入柠檬皮即可 4. 在电影里,邦德也会用金酒和伏特加的混合,不过这里就用纯伏特加了 为什么糟糕: 1. Shaken, not Stirred导致更多的冰融化,...
至少我没找到可以直接使用Martini3力场生成lammps拓扑文件的软件，不过可以试着用 PolyPly生成gmx格式的文件...