-x 指定生成的CG结构的文件名称,这里是1aki_cg.pdb; -o 指定生成的该分子CG模型的拓扑文件,也就是gromacs对应的top文件,里面包含了该分子的所有拓扑结构信息; -ff 选择所使用的力场,这里是martini3001,请关注力场的更新并随时更新该参数; -scfix指定使用侧链校正; -cys 设置为自动auto,是允许程序自动检测二硫...
1.1 准备工具 1.1.1 安装martinize2 pip install vermouth 1.1.2 安装Gromacs (略,可以看https://zhuanlan.zhihu.com/p/496537091) 1.1.3 下载旧版本的dssp 自行准备旧版本的dssp,最新的版本4.0在被martini3调用的时候会报错 我直接用的这位大佬编译好的dssp3.0.10:http://bbs.keinsci.com/thread-14384-1-1...
Bulacu给出了两种解决方法:1)利用最新发展的受限弯曲(ReB)函数(在GROMACS 2016之后的版本中函数类型为10)来避免i-j-k和j-k-l达到0度或180度;2)利用虚粒子或假粒子,即所谓的dummy-assisted dihedral(DAD)来重新定义二面角,这样从几何角度i-j-k和j-k-l就不能达到0度或180度的不稳定区域。 Bulacu展示了这...
求助，我在使用Martinize.py脚本时一直报错。 File "E:\MD\martinize.py-master\martinize.py-master...
前不久Martini官网发布了3.0版本，听说在2.2版本上有很大进步，之前构建粗粒化体系是利用Martiini官网...
tutorial coarse-grained-molecular-dynamics gromacs google-colab martini3 martini-cg Updated Oct 22, 2024 Jupyter Notebook MoMS-MMSB / Martini3-Graphene Star 0 Code Issues Pull requests This repository contains the tools to build the Martini 3 version of graphene (structure and ITP files) gr...
为了构建膜蛋白的MARTINI粗粒化模型并使用GROMACS进行MD模拟，需要以下工具：CHARMM GUI、Pymol、GROMACS 2021.4。膜蛋白MARTINI粗粒化模型构建 首先，从PDB Bank数据库下载PDB ID为7LCK的蛋白晶体结构，并去除结构中的结晶水分子。这可通过记事本直接操作实现，并将文件命名为7lck_nowater.pdb。接下来，...
Generates a Martini 3 model of Fullerene for running the molecular dynamics simulation with the Gromacs simulation package. The script outputs both the structure file (.gro) and a topology file (.itp). ## Building the model ## Requirements @@ -31,12 +31,20 @@ All arguments are optional....
The coarse-grained Martini force field is widely used in biomolecular simulations. Here we present the refined model, Martini 3 ( http://cgmartini.nl ), with an improved interaction balance, new bead types and expanded ability to include specific interac
3. 使用martinize.py和Gromacs工具创建粗粒化系统 首先，获取所需的多肽结构。这里以构建一个FF多肽为例，并将其保存为protein.pdb。基于所建结构生成Martini粗粒化拓扑文件。可以使用martinize.py脚本自动构建粗粒化的多肽拓扑。执行以下命令：执行martinize.py脚本，以使用Martini 2.2力场创建粗粒化坐标...