在进行数据分析时,Markduplicates报错,对它罢工了,报错如图1。对于在写满足毕业要求的文章上受挫的我来说,毕业设计的推进再次受挫不亚于晴天霹雳(前几天,SortSam也报错了,说多了都是泪,崩溃不是一下子就有的,而是无数个大大小小的挫折无从下手积累的,类目)。 1 报错提示 查了一些帖子以及询问了Chatgpt,如图2...
PCR duplicates 这个很好理解,PCR根据一份模板,扩增出多份拷贝,来源于同一模板的多份拷贝之间就是PCR重复序列 Optical duplicates illumina测序仪的基本单位是flowcell,测序反应在flowcell上发生和进行,高密度的flowcell使得测序的通量显著提升,也带来了序列重复读取的问题。虽然比例非常低,但是也需要考虑进来。 GATK官方对...
PCR duplicates 2. 这个很好理解,PCR 根据一份模板,扩增出多份拷贝,来源于 同一模板的多份拷贝之间就是 PCR 重复序列 3. Optical duplicates 4. illumina 测序仪的基本单位是 flowcell,测序反应在 flowcell 上 发生和进行,高密度的 flowcell 使得测序的通量显著提升,也带来了 序列重复读取的问题。虽然比例非常低...
首先来看重复序列产生的途径,有以下两种 PCR duplicates 这个很好理解,PCR根据一份模板,扩增出多份拷贝,来源于同一模板的多份拷贝之间就是PCR重复序列 Optical duplicates i... 查看原文 测序原始数据处理-质控 些重复序列进行一些处理,这些重复的序列可能是因为PCR扩增的时候引入的一些引物序列, #容易干扰下游结果,...
MarkDuplicates是Picard工具包中的一个模块,用于检测和标记测序数据中的重复序列或PCR扩增造成的假阳性。该模块可以帮助研究人员在后续数据分析中准确地评估样本的质量和性能,并在必要时进行修复或去除重复序列。 在高通量测序中,PCR扩增可以引入假阳性序列,这可能导致后续的数据分析和解释上的错误。因此,准确地识别和标记...
PCR duplicates 这个很好理解,PCR根据一份模板,扩增出多份拷贝,来源于同一模板的多份拷贝之间就是PCR重复序列 Optical duplicates illumina测序仪的基本单位是flowcell,测序反应在flowcell上发生和进行,高密度的flowcell使得测序的通量显著提升,也带来了序列重复读取的问题。虽然比例非常低,但是也需要考虑进来。
1、使用gatk 对 排序后bam文件进行标记重复出现如下报错: 经过查询,是由于服务器对一次进程可以同时打开的文件数目有限制导致报错。 可以通过Linux系统打开文件最大数量限制设置解决。 2、查看并设置linux系统打开文件最大数目 ulimit -n ulimit -n 10240 ulimi
这个参数指定了当读取结束溢出到磁盘时保持打开的最大文件句柄数。一般情况下,设置的这个数字要比每个进程可打开的最大文件数量稍低一些。 所以我们在运行的时候加入该参数对文件读取进行限制: gatk --java-options '-Xmx50G -XX:ConcGCThreads=2 -XX:ParallelGCThreads=2 -Djava.io.tmpdir=xxx MarkDuplicates-MAX_...
INFO 2016-11-12 10:02:59 MarkDuplicatesMarking 4 records as duplicates. 测试数据,大家可以去下载,里面有脚本和测试数据!http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip
经过查询,是由于服务器对一次进程可以同时打开的文件数目有限制导致报错。 可以通过Linux系统打开文件最大数量限制设置解决。 2、查看并设置linux系统打开文件最大数目 ulimit -n ulimit -n 10240 ulimit-n 1. 2. 3. 由1024设置为10240 3、运行程序测试 ...