但是,输入为query 排序输入时,比对上的 unmapped mates 会标记为重复。 --REMOVE_DUPLICATES=true 该参数为 true 时会直接删除duplicates序列,选择reads中碱基质量值加和最大的序列作为代表性序列。 该参数为 false 时会将重复标签加到flags中,其中1024代表重复序列(samtools flags 1024),GATK 后续处理软件会自动识别...
Command executed: picard MarkDuplicates INPUT=sample.sorted.bam.filtered.bam OUTPUT=sample.sorted.bam.filtered.markDup.bam REMOVE_DUPLICATES=TRUE AS=TRUE METRICS_FILE=sample.sorted.bam.filtered.markdup.metrics" VALIDATION_STRINGENCY=SILENT Command exit status: 2 Command output: (empty) Command error: ....
最近利用GATK4分析数据数据,遇到Unable to load libgkl_compression.so from native/libgkl_compression.so (No space left on device)的报错信息,查阅一些资料后,特将解决方案记录在此。 运行命令: gatk MarkDuplicates --REMOVE_DUPLICATES true -I test.bwa.sort.bam -O test.bwa.sort.rmmarkdup.bam -M test...
但是,输入为query 排序输入时,比对上的 unmapped mates 会标记为重复。 --REMOVE_DUPLICATES=true 该参数为 true 时会直接删除duplicates序列,选择reads中碱基质量值加和最大的序列作为代表性序列。 该参数为 false 时会将重复标签加到flags中,其中1024代表重复序列(samtools flags 1024),GATK 后续处理软件会自动识别...
examples lib scripts assembly map map-bowtie2-markduplicates.sh map-bwa-markduplicates.sh map-bwa-mem-markduplicates.sh process-reads validate global-functions.incl metassemble-scheduler.mk metassemble.mk parameters.mk tests .gitignore README.md ...