KECG数据库 检索信号通路时,我们最常用的数据库就是KEGG数据库。 KEGG数据库是一个综合数据库,它整合了基因组、化学和系统功能信息,并建立了跨物种间的联系。 在本次伴学营中,老师详细介绍了KEGG数据库的常用功能,以及如何利用AI工具快...
KECG数据库 检索信号通路时,我们最常用的数据库就是KEGG数据库。 KEGG数据库是一个综合数据库,它整合了基因组、化学和系统功能信息,并建立了跨物种间的联系。 在本次伴学营中,老师详细介绍了KEGG数据库的常用功能,以及如何利用AI工具快...
图12 ERK5分支在kegg的标注就比较简单,因为的确研究较少 小结 虽然不同的MAPK级联信号有着高度的特异性和功能区分,这些通路也有一些交叉。在kegg图中可以看到不同分支的交叉点,有些蛋白则虽然在kegg图中没有显示存在于不同分支,但在实际研究中已经有报道存在于不同分支中。比如JNK的激酶JNKK1(即MKK4)被报导也能...
如果放眼整个kegg数据库,与MAPK通路存在直接关系的通路类型高达104个,在细分功能的通路里排名第一,可见MAPK通路几乎是细胞内调控网络中最新核心的通路之一(图3)。 当然网络图可能看不清楚,主要是成员太多了。如果对104个通路按照A级别进行分类,一共涉及42个Human Diseases相关通路。这些疾病相关通路按照B级进行分类,占比...
如前文提到的,kegg通路图中某个位置的蛋白分子一般不是特指某个基因,而是一类功能相似的基因家族或者构成蛋白复合物的亚基 (例如PI3K蛋白复合物)。上图中的ERK属于 MAPK激酶。MAPK激酶不只是1个基因,而是涉及一类功能相似MAPK家族同工酶。 我查了下ensemble数据库收录的symbol号为MAPK的基因,一共查到14个(不知道为...
图9 kegg的MAKP通路中最经典的部分 (a)Ras与Raf(MAPKKK)的活化 通常活化的起点是生长因子(GF)激活生长因子受体RTK(受体酪氨酸激酶, receptor tyrosine kinase),例如EGF激活EGFR。这个部分我们在PI3K-AKT通路也介绍过(文章链接:《PI3K-AKT通路专题解析(上)》,《PI3K-AKT通路专题解析(下)》)。自磷酸化的RTK蛋白提...
LWG后,eggNOG功能基因、KEGG代谢途径和CAZy碳水化合物酶基因均有不同程度的增加,这可能是由于LWG小鼠肠道微生物数量的增加造成的。LWG通过功能菌群调节宿主能量、碳水化合物、氨基酸和其他营养物质的代谢和运输,发挥免疫调节作用。此外,非靶向代谢组学结果表明,LWG增加了Trp相关代谢物的含量,因此,我们将Trp代谢途径作为...
细胞信号通路系列11一MAPK from KEGG https://www.kegg.jp/entry/map04010 https://www.kegg.jp/pathway/map04010 丝裂原活化蛋白激酶 (MAPK) 级联是一种高度保守的模块,参与各种细胞功能,包括细胞增殖、分化和迁移。哺乳动物表达至少四个明显受调节的 MAPK 组、细胞外信号相关激酶 (ERK)-1/2、Jun 氨基末端激...
在KEGG核心35通路中，MAPK处于信号传导簇的右侧，与多个通路有直接连接，尤其在与癌症相关的通路中表现出高度关联性。在KEGG数据库中，与MAPK通路存在直接关系的通路数量高达104个，这使得它成为细胞内调控网络中的核心通路之一。MAPK信号通路的核心结构包括从上游的激酶级联反应到下游应答分子的传递，涉及一...
ERK5的活化涉及MEKK2/3、MEK5和ERK5的信号级联，其下游靶标蛋白包括转录因子ATF-2、Elk-1、p53等。不同MAPK级联信号在功能上有高度特异性，但它们之间也存在交叉。在kegg图中，可以观察到不同分支之间的交叉点。了解这些通路的详细机制将有助于深入理解生物信号传递和细胞功能调控的复杂性。