MAPK基因家族以及kegg通路图解析 如前文提到的,kegg通路图中某个位置的蛋白分子一般不是特指某个基因,而是一类功能相似的基因家族或者构成蛋白复合物的亚基 (例如PI3K蛋白复合物)。上图中的ERK属于 MAPK激酶。MAPK激酶不只是1个基因,而是涉及一类功能相似MAPK家族同工酶。 我查了下ensemble数据库收录的symbol号为MAPK...
MAPK基因家族以及kegg通路图解析 如前文提到的,kegg通路图中某个位置的蛋白分子一般不是特指某个基因,而是一类功能相似的基因家族或者构成蛋白复合物的亚基 (例如PI3K蛋白复合物)。上图中的ERK属于 MAPK激酶。MAPK激酶不只是1个基因,而是涉及一类功能相似MAPK家族同工酶。 我查了下ensemble数据库收录的symbol号为MAPK...
这个分支在kegg通路图的最上面,其中的MAPK酶是ERK1/ERK2 (p42/p44)激酶。这是被研究的最为广泛最经典的MAPK通路,其与肿瘤有千丝万缕的关系,其中任何一个关键蛋白的功能异常,都可能导致肿瘤发生,这个通路的过程在上期文章图5展示过(文章链接:《MAPK通路(ko04010)专题解析(上)》),截取kegg通路中属于这个分支的部...
1.5 GO和KEGG分析 GO(gene ontology)分析属于国际标准化的基因功能分类体系,可以全面阐述基因以及基因产物在生物体中的属性,包括三个本体,分别为基因参与的生物过程(biological process,BP)、细胞组分(cellular component,CC)和分子功能(molecular function,MF)。KEG...
LWG后,eggNOG功能基因、KEGG代谢途径和CAZy碳水化合物酶基因均有不同程度的增加,这可能是由于LWG小鼠肠道微生物数量的增加造成的。LWG通过功能菌群调节宿主能量、碳水化合物、氨基酸和其他营养物质的代谢和运输,发挥免疫调节作用。此外,非靶向代谢组学结果表明,LWG增加了Trp相关代谢物的含量,因此,我们将Trp代谢途径作为...
Gene ontology (GO) and the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) were used for the analysis, and parallel reaction monitoring was used to validate the proteins.The transcriptome and protein levels of SH2B1 were validated in human AC, lens of diet-induced obesity mouse model (DIO) ...
然后鉴定了成骨诱导过程中EPCs-MSCs 共培养与MSCs单培养组的差异调控基因。差异表达基因的KEGG富集分析表明,许多信号通路,包括MAPK,ECM-受体相互作用,TNF,PI3K-Akt和HIF-1,都受到共培养的EPCs的调控。在这些通路中,MAPK主要受到与EPCs共培养的影响。 接下来,为了研究EPCs对MSCs分化的影响,在成骨诱导培养基中培养...
采用RNA测序检测HepG2和HepG2-H细胞基因表达的差异,并对差异基因进行京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;使用不同浓度(10、20、30 μmol/L)MAPK信号通路特异性阻滞剂U0126作用于HepG2-H细胞,以不加入U0126的细胞为对照组;采用四甲基偶氮唑盐(MTT)法检测各组细胞的增殖能力;细胞划痕实验检测细胞迁移...
作者在hTFtarget数据库上预测GATA3下游调控基因，并进行KEGG富集分析，发现预测的靶基因主要富集于MAPK信号通路。进一步提取富含MAPK信号通路的基因并进行PPI分析。同时，统计了PPI网络中每个基因的核心价值。发现MAPK1基因具有最高的核心值，表明MAPK1可能发挥了最重要的作用。在进一步搜索TCGA-STAD数据集中MAPK1的表达后，...
采用GO和KEGG进行功能分析。通过分析与检测是否使用脑心通以及在用药前后大鼠凝血四项(PT、APTT、TT、Fib)和凝血因子(II、VII、IX、X)的变化情况评估不同处理方案对大鼠使用华法林进行抗凝处理的影响程度和模式。采用Western blot法检测肝脏组织MAPK的表达。结果:影响华法林抗凝程度的前5位脑心通组分代码分别为MOL...