然后将免疫共沉淀(IP)样本和对照样本中的序列片段对比(或定位)到参考基因组/ 转录组上,检测RNA 甲基化位点。对照样本测量对应RNA 的表达量,本质上是RNA-seq 数据。 MeRIP-seq 技术检测m6A 技术流程 m6A测序数据分析流程 m6A-seq数据分析的原理和过程跟ChIP-seq十分相似,大体包括如下几个步骤。 1. 原始rea
对MeRIP-seq和RNA-seq数据进行联合分析，共鉴定出27个差异表达且m6A修饰基因。还鉴定出一种典型的肌肉特...
使用Nanopore官方的basecall软件Dorado(版本:0.8.0)可以精准检测和识别DRS数据中的多种类型的修饰位点,其最新模型在单碱基水平上识别m6A的准确率可达97.1%。目前DRS m6A修饰分析的内容主要包括m6A的位点鉴定、位点分布、motif分析、区域注释以及m6A修饰差异分析。以下是对DRS m6A修饰分析结果的简要解读,以及提供一些m6A修饰...
Adaptive-m6A在大多数测试物种中都优于传统ML方法,并取得了良好的性能;Motif分析和不同物种之间的交叉验证表明,Adaptive-m6A可以在不同物种之间实现高性能,这有助于更好地了解不同物种RNA转录组的序列特征和生物学机制。 由于NAC是用于探索m6A位点周围基序的最广泛使用的基于序列的特征,因此比较阳性和阴性数据集之间的N...
一、m6A 甲基化数据挖掘发SCI实操课(附全套课件+万能代码)免费送 DNA转录成RNA,RNA翻译成蛋白质。那RNA会发生各种修饰,如N6-腺苷酸甲基化(N6-methyladenosine,m6A)、N1-腺苷酸甲基化(m1A)等。m6A甲基化是最常见的一种,大约占到了RNA...
m6A-seq数据的分析涉及多个步骤和方法,包括数据预处理、比对、峰值检测、差异甲基化分析、功能注释等。为了更好地理解这一过程,我们可以详细探讨数据预处理。数据预处理是m6A-seq分析的关键步骤之一,主要包括质量控制、去除低质量读段、去除接头序列等操作。质量控制保证
然后,研究者通过整合m6A-QTL数据和eQTL数据,分析m6A与基因表达的关系。结果表明,大多数m6A位点影响多个基因,而且大部分m6A位点调控的基因并非近端基因。根据m6A-疾病和m6A-基因这两部分的分析结果,研究者对得到的疾病相关m6A调控的基因进一步结合...
m6A甲基化测序数据分析服务 1.识别甲基化富集峰 通过高通量测序和生物信息分析,识别(p <10-5)甲基化富集的基因组区域。 注:每个样品组做一个Input,以去除基因组背景,降低假阳性率 2. RNA甲基富集峰注释 通过生物信息分析利用最邻近基因对富集峰进行注释,并根据峰中点相对于已知基因的位置,将富集峰为启动子峰、...
本研究通过分析动脉粥样硬化患者单细胞测序数据，全面探究了 m6A 修饰在关键细胞类型（ECs、SMCs、巨噬细胞）中的调控机制。发现 m6A 调节因子在不同细胞类型中有特异性表达模式，ALKBH5 在 ECs 中促进增殖、迁移和血管生成，WTAP 在 SMCs 中促进增殖、迁移和表型转化，METTL3 和 YTHDF2 在巨噬细胞中促进激活和...
富集分析(图 4F、G)显示,这些特定的细胞亚群表现出重要生物功能的显著激活,如内吞。进一步的 GSEA 分析显示,血管生成、外泌体、上皮间质转化(EMT)和 N6-甲基腺苷(m6A)在特定细胞亚群中明显富集(图 4H)。基于这些发现,初步构建了转移性 LUAD 的内皮细胞图谱。