(1) TSR(TSD): 目标重复位点,是 4~6bp 的短的重复序列,在 5’LTR and 3’LTR 两侧,是转座子插入的信号。 (2) 5’LTR and 3’LTR : LTR 两端序列完全一致的末端重复, TG..CA box,完整的 LTR 均含有此结构。LTR 长度一般在 85~5000bp。 (3) PBS(primer binding site) 引物结合位点: 在 5’L...
•转座子激活使细胞失去表观遗传的沉默,是细胞内源的潜在危险因素。小鼠LTR-反转录转座子即内源反转录病毒导致很多基因插入,并在胚胎植入前的干细胞中组蛋白H3赖氨酸三甲基缺失时大量表达。这些细胞中含大量18nt tRF,并普遍表达22nt tRF,其结构包括成熟tRNAs 3’端CCA序列和ERV反转录引物结合位点。作者证实两个...
摘要LTR类反转录转座子是植物基因组中的重要成分,对基因组的大小、结构、功能和进化都有重要影响。文中从结构特征、转座机 制、分类、分离鉴定及对基因组的影响等多个方面概述了植物LTR类反转录转座子的研究进展,为进一步揭示LTR类反转录转座子在 植物基因组中的功能奠定基础。
2.如权利要求1所述的ltr反转录转座子的完整筛选方法,其特征在于,在步骤s1中,依据结构特征的识别使用ltrfinder工具、依据已知数据库使用repeatmasker工具、依据从头算起使用ltrharvest工具,通过perl正则表达式从3个工具的结果中提取ltr反转录转座子在基因组的位置数据,如果ltr反转录转座子位于负链,则转换为正链形式,即...
全长LTR反转录转座子:第一步采用后缀矩阵数据结构来定位和存贮基因组中的 所有精确匹配序列对;第二步以精确匹配序列对为种子,通过连接相邻种子来 构造可能的LTR区域:第三步通过序列联配发现最可能的转座子边界;第四步利 用LTR转座子内部的结构特征序列确认全长转座子的存在。
根据LTR反转录转座子的一些基本特征运用LTR-FINDER软件(http://tlife.fudan.edu.cn/ltr_finder/)进行马铃薯基因组的LTR反转录转座子含量分析,计算LTR反转录转座子平均长度、频数和转座子序列在基因组中的比例,LTR-FINDER软件的参数均为默认值。1.2聚类分析 从发现的马铃薯反转录转座子中随机挑取446个,并以烟草(...
IRAP 是一种检测基于 LTR-FINDER 分析葡萄基因组中 LTR反转录转座子李卫涛1, 张焕丽2, 押辉远3(1.郑州大学河南省离子束生物工程重点实验室, 郑州450052; 2.洛阳农林科学院, 河南 洛阳471022;3.洛阳师范学院生命科学系, 河南 洛阳471022)摘要: 运用 LTR-FINDER 对葡 萄(Vitis vinifera)基因 组中 的 19 条...
本发明涉及一种LTR反转录转座子的完整筛选方法,属于生物信息学及基因组研究领域,其包括根据3种最具代表性的LTR反转录转座子识别原理,设计通用的数据合并方法,经过不同识别原理的交叉验证和LTR反转录转座子长度特征的验证,获得一个物种完整可靠的LTR反转录转座子数据。目前,有多种不同的技术原理可以从物种基因组...
采用比较基因组模块与同源搜索.拷贝数验证模块相结合的途径,通过构 造和搜索亚洲栽培稻籼粳两个亚种的全基因组序列联配,我们共预测到993个 全长LTR反转录转座子并在两个基因组中注释了15916条与之相关的拷贝;发 现80个水稻LTR转座子的新家族,其中16个与目前已报道的所有家族没有任何匹 配。通过对全长LTR转...
该程序通过四步来发现一个 全长LTR反转录转座子:第一步采用后缀矩阵数据结构来定位和存贮基因组中的 所有精确匹配序列对;第二步以精确匹配序列对为种子,通过连接相邻种子来 构造可能的LTR区域:第三步通过序列联配发现最可能的转座子边界;第四步利 用LTR转座子内部的结构特征序列确认全长转座子的存在。 第二...