bsub -J blast -n 10 -R span[hosts=1] -o %J.out -e %J.err -q normal "blastn -query ./ZS97_cds.fa -out ZS97_cds -db ./MH63_cds -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads \$LSB_DJOB_NUMPROC" 1.LSF作业脚本1-串行作业(单节点) LSF中用户运行作业的主要方式为,编写LSF作业脚本,使...
bsub -J blast -n 10 -R span[hosts=1] -o %J.out -e %J.err -q normal "blastn -query ./ZS97_cds.fa -out ZS97_cds -db ./MH63_cds -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads \$LSB_DJOB_NUMPROC" 1.LSF作业脚本1-串行作业(单节点) LSF中用户运行作业的主要方式为,编写LSF作业脚本,使...
-i 标准输入文件 -e 标准错误输出文件 -q 作业所提交队列名 -o -i -e 三个参数的文件名中可以包含%J用于表示JOBID;如果没有指定标准输出文件,那么系统会自动设定为 output_%J;如不想要输出文件请设置 -o /dev/null。 执行bsub < 后,成功加入队列将显示: Job <175039> is submitted to queue <normal>...
在终端中输入 bsub 并回车后会进入 bsub 交互环境,在其中可输入作业参数和执行作业程序。在 bsub 交互环境下可以一次提交多个参数相同的作业,例如: $ bsub bsub>-n4 bsub>-q example-queue bsub>-o example.out bsub> PROG1 bsub> PROG2 bsub> PROG3 bsub> Ctrl+D 使用Ctrl+D 可退出 bsub 交互环境。
2 使⽤LSF提交作业bsub o 2.1 ⼿动提交作业 o 2.2 交互式批量提交 o 2.3 编写LSF作业控制脚本 o 2.4 ⼀个功能更完整的LSF作业控制脚本 3 其他作业管理操作 o 3.1 查看作业状态bjobs o 3.2 终⽌作业bkill o 3.3 监视作业输出bpeek o 3.4 作业历史信息bhist 4 参考资料 通过LSF查看集群...
3、使用脚本提交作业bsub 命令可以使用输入脚本多次提交具有相同参数的作业,格式为:创建时间:2006-12-1215:54:00 2#BSUB -n Z #BSUBq QUENAME #BSU Bo OUTPUTFILE COMMAND该脚本的参数与命令行“ bsubn Z-q QUENAME- o outputfile COMMAN度数相同。提交时为bsub脚本名例如要提交一个12小时内完成,需要16个...
使用LSF提交作业bsub 手动提交作业 LSF使用bsub提交作业。bsub命令的格式是: bsub-nZ-qQUEUENAME-iINPUTFILE-oOUTPUTFILECOMMAND 其中:Z提交作业需要的线程数,-q指定作业提交的队列。如果不添加-q选项,系统将把作业提交到默认的作业队列。?INPUTFILE表示程序需要读入的文件名,OUTPUTFILE表示输出文件名,作业提交后的输出...
9、ript通过输入重定向,提交给LSF:bsub < bsub.script这等价于:bsub -n 16 -q q_default -o output.txt -a mpich_gm mpirun.lsf ./mytest一个功能更完整的LSF作业限制脚本#BSUB -J HELLO_MPI#BSUB -o job.out#BSUB -e job.err#BSUB -n 256source /lustre/utility/intel/composer_xe_2021.3.163/...
bsub命令用于提交任务到LSF系统。使用bsub命令可以指定任务的资源需求、运行时间限制、标准输出和错误输出等参数。以下是bsub命令的常用选项: •-J:指定任务的名称。 •-n:指定任务所需的CPU核心数量。 •-R:指定任务所需的资源要求,如内存、硬盘空间等。 •-W:指定任务的运行时间限制。 •-o:指定任务的...
lsf.conf檔案中的叢集配置參數 管理及統計指令 只有LSF管理者和 root 使用者可以使用這些指令。 常駐程式 使用者指令 檢視叢集的相關資訊。 監視工作及作業。 提交及控制工作。 bsub指令 bsub[options]指令[arguments] 指令的選定選項