蛋白质loop结构 蛋白质loop结构是指蛋白质分子中的一个环状结构,通常由5到30个氨基酸残基组成。这种结构在蛋白质的构象和功能中起着重要的作用。 蛋白质loop结构的功能包括:作为蛋白质分子的连接部分,参与蛋白质的结构稳定性和折叠,以及提供蛋白质与其他分子间相互作用的位点。 根据不同的氨基酸序列和构象,蛋白质loop...
Loop就是蛋白质结构中的无规则卷曲结构。Loop预测的方法有许多，Knowledge-based、KIC、CCD、NGK、机器...
loop区直接翻译成环区就好了 无规则卷曲是蛋白质的一种不规则的二级结构，相比较α螺旋、β转角、β折...
基于运动学的蛋白质LOOP结构预测摘要蛋白质的结构多样性决定了其功能的多样性,预测蛋白质三维结构对疾病研究 和药物开发都有着重要的意义。本文将运动学应用于蛋白质loop闭合问题,又将其 扩展至控制蛋白质loop拓扑结构。循环坐标下降法和雅可比矩阵法是运动学中的两种常用的数值方法,本文实现 并设计实验对比了两种方法在...
1539个超家族和945个折替子的特点.此外,本文还对五类超二级结构Loop序列中包含的20种氨基酸出现概率进行了统计分析.1材料和方法1.1材料选取相似性小于40%的SCO P( 1.69rel ease) 中7290个蛋白质序列,相似性由ASTRAL库提供,序列的二级结构及氢键信息由蛋白质的PDB库提供.其中有88个序列在PDB库中没有二级结构,...
1.蛋白晶体结构中的loop区的位置是固定的吗？2. loop区的电子密度未得到指认，是否代表该区域的结构不...
一种使用拉氏图增强Loop区域结构的蛋白质结构预测方法,首先,根据目标蛋白质的序列信息以及残基类型获得相对应的拉氏图;其次,使用片段长度为3和9的片段组装分别在不同阶段对构象空间进行搜索,片段长度的不同有利于构象的采样多样性;然后,在第四阶段中加入了MonteCarlo方法,提高了算法搜索构象空间的能力;最后通过局部扰动...
根据蛋白质的氨基酸序列预测蛋白质的结构是计算生物学中尚未解决的重要问题之一,而该问题的一个难点是蛋白质中Loop片段的结构.Loop在蛋白质的特征和功能中起着关键作用,但是用实验方法确定Loop结构,因其活性相对较大而变得异常困难.因此,尽可能精确地对Loop的结构进行计算建模,对于了解蛋白质整体结构来说是非常重要的....
一种基于Loop区域高斯扰动的群体蛋白质结构预测方法,首先,通过种群初始化得到全局搜索的构象;然后通过交叉操作,交叉种群中个体Loop区域的部分;其次,对交叉后的种群和初始种群合并到一起挑选出能量较小的个体,使用高斯分布的二面角来对构象的Loop区域扰动,并使用玻尔兹曼概率判断是否接收;最后使用聚类算法对输出的最后一代种...
一种使用拉氏图增强Loop区域结构的蛋白质结构预测方法,首先,根据目标蛋白质的序列信息以及残基类型获得相对应的拉氏图;其次,使用片段长度为3和9的片段组装分别在不同阶段对构象空间进行搜索,片段长度的不同有利于构象的采样多样性;然后,在第四阶段中加入了Monte Carlo方法,提高了算法搜索构象空间的能力;最后通过局部扰...