蛋白质loop结构是指蛋白质分子中的一个环状结构,通常由5到30个氨基酸残基组成。这种结构在蛋白质的构象和功能中起着重要的作用。 蛋白质loop结构的功能包括:作为蛋白质分子的连接部分,参与蛋白质的结构稳定性和折叠,以及提供蛋白质与其他分子间相互作用的位点。 根据不同的氨基酸序列和构象,蛋白质loop结构可以分为不...
loop区直接翻译成环区就好了 无规则卷曲是蛋白质的一种不规则的二级结构，相比较α螺旋、β转角、β折...
基于运动学的蛋白质LOOP结构预测摘要蛋白质的结构多样性决定了其功能的多样性,预测蛋白质三维结构对疾病研究 和药物开发都有着重要的意义。本文将运动学应用于蛋白质loop闭合问题,又将其 扩展至控制蛋白质loop拓扑结构。循环坐标下降法和雅可比矩阵法是运动学中的两种常用的数值方法,本文实现 并设计实验对比了两种方法在...
1539个超家族和945个折替子的特点.此外,本文还对五类超二级结构Loop序列中包含的20种氨基酸出现概率进行了统计分析.1材料和方法1.1材料选取相似性小于40%的SCO P( 1.69rel ease) 中7290个蛋白质序列,相似性由ASTRAL库提供,序列的二级结构及氢键信息由蛋白质的PDB库提供.其中有88个序列在PDB库中没有二级结构,...
蛋白质Loop结构2) Protein structure 蛋白质结构 1. Analysis of enzymatic hydrolysis process for preparing active peptides based on protein structure(Ⅰ)Novel 3-D dynamic characterization of enzymatic hydrolysis reaction; 基于蛋白质结构知识解析活性多肽的酶解制备反应行为(Ⅰ)酶解反应动态特性的3-D图形...
图1是基于loop区域高斯扰动的群体蛋白质结构预测方法的流程图。 图2是基于loop区域高斯扰动的群体蛋白质结构预测方法对蛋白质1ail进行结构预测得到的构象分布图。 图3是基于loop区域高斯扰动的群体蛋白质结构预测方法对蛋白质1ail进行结构预测得到的构象分布图。
一种使用拉氏图增强Loop区域结构的蛋白质结构预测方法,首先,根据目标蛋白质的序列信息以及残基类型获得相对应的拉氏图;其次,使用片段长度为3和9的片段组装分别在不同阶段对构象空间进行搜索,片段长度的不同有利于构象的采样多样性;然后,在第四阶段中加入了MonteCarlo方法,提高了算法搜索构象空间的能力;最后通过局部扰动...
根据蛋白质的氨基酸序列预测蛋白质的结构是计算生物学中尚未解决的重要问题之一,而该问题的一个难点是蛋白质中Loop片段的结构.Loop在蛋白质的特征和功能中起着关键作用,但是用实验方法确定Loop结构,因其活性相对较大而变得异常困难.因此,尽可能精确地对Loop的结构进行计算建模,对于了解蛋白质整体结构来说是非常重要的....
端粒是真核生物染色体末端的特殊结构,由串联重复序列TTAGGG和被称为“端粒体”的蛋白质复合物构成,其主要生物学功能是阻止线性染色体末端被识别为双链断裂及由此诱发的DNA损伤反应,起到保护基因组稳定性的作用。大部分肿瘤细胞延伸端粒依赖端粒酶,另外有10-15%的肿瘤细胞通过端粒延伸替代机制(alternative lengthening of ...
一种残基接触引导loop扰动的群体蛋白质结构预测方法,包括以下步骤: 1)输入预测蛋白质的目标序列、9残基片段库和预测的残基接触图; 2)设置参数:种群规模np、迭代次数g; 3)种群初始化:随机选择目标序列的滑动窗口进行片段组装,直至所有残基都至少被替换过一次,迭代此过程生成初始种群p={p1,p2,...,pnp},其中pn表示...