TPM:Transcripts per million指的是每百万条reads的转录本。与FPKM/RPKM的计算方法不同的是,TPM先对基因长度进行校正,随后才对文库大小进行校正,总的来说可以概括为:百PKM除以FPKM值的总和,再乘以10的6次方。但是由于FPKM/RPKM与TPM对于基因长度及测序深度的校正顺序不同,也导致他们之间存在着些许差异。即对于TPM来...
FPKM在很久之前的应用比较多，现在用TPM比较多，可以将FPKM先转化为TPM，再进行log2(TPM + 1)处理，...
tpm值的计算依赖于基因的长度和对齐的reads数，不同于简单的counts值或者log2(x+1)转换。因此，vst转...
❝本节来介绍一个做生存分析的新包「ggsurvfit」,完美兼容「ggplot2」语法；下面来简单介绍一下，...
一般情况下,我们的芯片或者测序给出来的原始值范围都是非常大的,例如Agilent芯片的信号强度从0到65535,tpm从0到25000。将它们绘制密度分布后,一般呈现右偏,即大部分信号都是在左侧,右侧拖个长长的尾巴,不利于研究,而经过log2转化后,数据更加集中,更加接近正态分布,更方便我们套用正态分布那一套进行研究。
一般情况下,我们的芯片或者测序给出来的原始值范围都是非常大的,例如Agilent芯片的信号强度从0到65535,tpm从0到25000。将它们绘制密度分布后,一般呈现右偏,即大部分信号都是在左侧,右侧拖个长长的尾巴,不利于研究,而经过log2转化后,数据更加集中,更加接近正态分布,更方便我们套用正态分布那一套进行研究。
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31321 TNPO3 TNRC6B TNS3 TOB2 TOB2P1 TOLLIP TOM1L1 TOM1L2 TOMM22 TOMM7 TOP2A TOPORS TOR1AIP1 TOR1AIP2 TOR1B TOR2A TOR3A TP53 TP53AIP1 TP53BP1 TP63 TPD52 TPI1 TPM1 TPM2 TPM4 TPMT TPP1 TPRXL TPT1-AS1 TPTEP1 TPX2 TRA2A TRAF3IP1 TRAIP TRAK1 TRANK1 -2,19983 -4,...
2 changes: 1 addition & 1 deletion 2 test/tpmclient/tpmclient.int.c Original file line numberDiff line numberDiff line change @@ -41,7 +41,7 @@ #include "sysapi_util.h" // for _TSS2_SYS_CONTEXT_BLOB, res... #include "util/tss2_endian.h" // for BE_TO_HOST_32 #define ...
TPM:Transcripts per million指的是每百万条reads的转录本。与FPKM/RPKM的计算方法不同的是,TPM先对基因长度进行校正,随后才对文库大小进行校正,总的来说可以概括为:百PKM除以FPKM值的总和,再乘以10的6次方。但是由于FPKM/RPKM与TPM对于基因长度及测序深度的校正顺序不同,也导致他们之间存在着些许差异。即对于TPM来...